2021-05-20未比对上的序列提取(二）

未比对上的序列提取

第一步：samtools view -@ 6 -hbf 4 S96.new1.bam > S96.unmapped.bam

第二步：bedtools bamtofastq -i S96.unmapped.bam -fq S96.unmapped.fastq -fq2 S96.unmapped.fastq > test.log 2>&1 &

然而：第二部会报错，而且提取为空！强烈不推荐使用！！！！

所以第二部可以继续用samtools：samtools fastq S96.unmapped.bam -1 S96unmappedR1-1.fastq -2 S96unmappedR2-1.fastq &>test1.log &

而且！！！！

samtools fastq 可以提取未必对和拆分一步完成！

命令：samtools fastq S96.new1.bam -f 4 -1 S96unmappedR1-2.fastq -2 S96unmappedR2-2.fastq &>test2.log &

-f 4：完成为比对read的提取！