以大设施anlei01环境为例
1、配置miniconda软件
# 首先下载文件，校服务器是联网的可以wget下载
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安装成功后需要更新系统环境变量文件，可以理解为这个软件在账户下有使用权限
source ~/.bashrc
#设置镜像。复制以下进服务器就行了
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
2、设置环境
建立一个RNA-seq分析环境，这样是为了和其他环境区分开，以免本环境损坏造成其他环境也异常，也有些特殊软件例如cellphonedb需要建立python3.8环境。建议使用python3.8.很多软件不兼容过高版本的python
#创建环境并激活，可以看到账户前面括号内由base转变为RNA-seq
conda create -n RNA-seq python=3.8
conda activate RNA-seq
环境搭建后前缀变化.png
3、软件安装
conda软件可以直接一行命令安装，无需后续环境配置
以安装hisat2为例，直接用网页提供的代码
不熟悉代码的可以去网页搜需要的软件 https://anaconda.org/bioconda/
软件安装.jpg
conda install -c bioconda hisat2
#安装完会有三个done
#Preparing transaction: done
#Verifying transaction: done
#Executing transaction: done
#安装完使用hisat2相关命令，弹出使用说明则表明软件安装成功
#可以同时安装好几个软件
conda install -c bioconda fastqc trim-galore subread
##安装报错要仔细看，有些软件有绑定的软件需要提前安装
3、库文件缺失报错
指路帖子https://www.jianshu.com/p/89e9024a1450
4、samtools报错
image.png
$find ~ -name "libcrypto.so.1*"
/work/home/algroup01/miniconda3/pkgs/openssl-1.1.1w-h7f8727e_0/lib/libcrypto.so.1.1
/work/home/algroup01/miniconda3/envs/RNA-seq/lib/libcrypto.so.1.1
##用带lib这个 软链接
ln -s /work/home/algroup01/miniconda3/envs/RNA-seq/lib/libcrypto.so.1.1 /work/home/algroup01/miniconda3/envs/RNA-seq/lib/libcrypto.so.1.0.0
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