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ceRNA纯生信分析思路:纯生信不实验发6+的ceRNA,到底有

ceRNA纯生信分析思路:纯生信不实验发6+的ceRNA,到底有

作者: 概普生信 | 来源:发表于2020-08-10 14:17 被阅读0次

    今天跟大家介绍一篇文章,标题如上。是一个LGG ceRNA网络构建,寻找预后相关的lncRNA的项目。

    标题看着很经典。

    今年5月份发表的,公开数据库纯生信文章,所以那些说纯生信不好发,lncRNA必须加实验的得,好好看看这篇文章了。

    看下整个项目的分析流程图,首先下载TCGA和GTEx中的LGG表达谱数据,然后筛选出差异的lncRNA,样本分成两部分,然后对差异的lncRNA进行lasso降维分析,预后分析,多因素cox分析,然后验证模型的准确性。利用模型评估生存效果,对药物进行预测。

    看这个流程图的话,感觉东西也比较常规,还是不清楚其优秀在哪里。

    继续往下看

    第一张图,差异的lncRNA分析,火山图,热图。

    第二张图,km分析和lasso回归,森林图

    第三张图,富集分析,模型验证

    第四张图,模型的效能验证。

    针对特定的临床特征检测模型的适用性

    基于lncRNA多因子网络构建

    药物预测

    单纯的把这个套路拿出来跟我们之前推广过的ceRNA的套路比呢,图没有之前的文章做的优秀,也没有做的更深入。

    成熟的套路ceRNA(终结)

    也没有之前的那么有噱头,肿瘤CNV调控性ceRNA网络构建

    胶质瘤假基因ceRNA网络构建3+思路分享

    如果是单单的说lncRNA,文章做的有没有lncRNA系列做的有意思。

    免疫相关的lncRNA 药物敏感相关的lncRNA TF-lncRNA调控网络

    一路平平,只是最后多几个药物,不足以支撑发表到6。

    有分析意向(http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy)生信人WX公众号

    充其量,也就是一个3+的工作量,对,请注意就是3+的工作量,在生信人工作室。

    至于最后能发表到哪里,决定的因素,有很多,比如眼光。

    比如这个杂志 18年还是3呢,19年直接翻翻。

    不得不佩服作者的眼光。

    目前看这个杂志虽然已经涨到了6+,但是对于纯生信的接受程度超级高,大家抓紧时间哦。

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