zcat Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz | perl -alne '{next unless $F[2] eq "gene" ;/gene_biotype "(.*?)";/;print $1}' | sort | uniq -c
转自：https://www.jianshu.com/p/ae90b60bd24e
zcat Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz | perl -alne '{next unless $F[2] eq "gene" ;/gene_biotype "(.*?)";/;print $1}' | sort | uniq -c
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先查看gtf注释文件中的gene_biotype个数 用R提取 R包： refGenome下载地址： https:...
记录Ensemble的GTF注释文件时的一些内容 Biotype 指的是基因或转录本的分类。 IG gene: 发...
cat Homo_sapiens.GRCh38.94.chr_patch_hapl_scaff.sorted.gt...
Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf 是人类参考基因组注释，在ensambel下载。
任务 统计fa ID信息，并打开看看fa格式 探究gtf注释信息，第一：用grep awk 统计自己需求的内容，如...
基因组注释文件GTF/GFF格式的介绍 GFF 2 -> GTF -> GFF 3 The GTF ...
HTseq统计基因reads数 HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SA...
gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf gtf2gff gffread merg...
做可变剪切stringtie合并gtf的时候报错'''find . -name .sorted.bam.gtf >...
# 下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下载地址：ftp://ftp.ensembl...
本文标题：2022-08-01 统计GTF中的biotype
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/wnqdwrtx.html
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