library(GEOquery)
gset <- getGEO('GSE42872',destdir = '.',getGPL = F)
class(gset) ##list类型
4affe6f1-c788-409b-abc7-9be1a833f2d1-11138381.jpg
gset1 <- read.table('GSE42872_series_matrix.txt.gz',sep='\t',header=T,comment.char = "!")
class(gset1) # "data.frame"
cd5d00d4-3dc4-4030-91d2-73382369c564-11138381.jpg
使用本地下载的直接就是表达矩阵（还需要转换一下），而使用getGEO下载，首先得到的是一个list对象，后还需要将表达矩阵提取出来。
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本文标题：2021-04-08
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