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【R画图学习3.2】富集气泡图(多个时间点)

【R画图学习3.2】富集气泡图(多个时间点)

作者: jjjscuedu | 来源:发表于2022-10-11 15:26 被阅读0次

还是用我们上一篇里面的测试数据,上一篇我们只处理了0.25h一个时间点的富集结果,从测试数据来看,我们是包含多个时间点,如果我们想把多个时间点画在一起,想看下横向对比的结果怎么办呢?今天我们就测试一下。

那这样设计X轴就要变成随着时间点变化,牺牲RichFactor这个不是那么重要的量了。

library(ggplot2)

library(ggthemes)

data <- read.table("data.txt",header = T,sep = "\t")

ggplot(data)+geom_point(aes(x=GO,y=Time,colour=-log10(Pvalue),size=log(ProteinNumber)))+

coord_flip()+

scale_colour_gradient(low = 'blue', high = 'red')+

theme_light()+

theme(axis.text=element_text(size = 14,color = "black"))+

theme(axis.title = element_text(size = 20))+

facet_grid(rows=vars(Class),scales = "free_y",space = "free_y")+

theme(strip.background=element_rect(fill = c("blue")))

这样我们就可以比较不同GO/Pathway随着时间点变化的规律,比如我这个测试数据中,激素类和stress环境响应类的调控在早期的时间点,而一些次生代谢产物则在晚期响应。

但是,可以看出横坐标的排序是按ASCII排序的,并没有按照我们期望的 0.25,0.5,1,3,8,24。所以这时候我们就需要通过factor因子来调整排序成我们期望的格式。

data$Time = factor(data$Time,order=TRUE,levels=c("0.25h","0.5h","1h","3h","8h","24h"))

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