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2020-12-06

2020-12-06

作者: Milin我心 | 来源:发表于2020-12-06 16:03 被阅读0次

生信星球学习小组day3——linux环境下安装软件——Milin我心

今天的学习模式是串联的模式

第一步:先在云服务器上使用uname -a查看是多少位,答案是64位的,在[清华镜像](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)网站上,选择“latest”的linux x86_64的版本下载,下载的命令是wget,注意复制可以从windows系统中鼠标悬浮在目标上点右键可以查看复制待链接。
第二步:安装, 安装的命令是bash 文件名,中途yes、enter等等。
第三步:激活, source ~/.bashrc
第四步:添加镜像, conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
第五步:查看conda上所有软件列表,conda list,感觉确实包括很多好软件!
第六步:搜索自己感兴趣的conda软件,conda search 软件名
第七步:安装这个软件,conda install 软件名
第八步:卸载这个软件,conda remove 软件名
第九步:conda环境:首先查看当前环境 conda info --envs,可见目前只有一个环境,即base,然后建立另一个环境,课程中举了rnaseq的例子,用三代python,conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y,再次查看环境后发现又多出了一个 rna-seq 的环境,最后conda activate rna-seq激活环境。
思路导图如下:

12-6linux软件安装导图.png

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