下午做峰图，发现一个很有意思的案例。
在给PAH基因c.1162G>A位点做峰图时发现，突变点往前7个碱基处，图上是G碱基，但程序提供的参考序列为C，随即上mutalyzer查阅，发现是G；上UCSC查阅，发现是C
mutalyzer结果
UCSC结果
纠结一番，上NCBI下载转录本的参考序列，发现PAH基因同一转录本有2个版本NM_000277.1和NM_000277.2，详细见图，一个为G一个为C。
NM_000277.1图示
NM_000277.2图示
所以，无所谓对错，具体看使用哪个转录本，同步用相应的核苷酸即可。
下午做峰图，发现一个很有意思的案例。 在给PAH基因c.1162G>A位点做峰图时发现，突变点往前7个碱基处，图上...
问题的描述 RSEM 是典型的基于转录本定量的方法，它的比对需要下载参考转录本的fa序列，与基因组比对不同，转录本...
1. 比对之前需要考虑哪些问题 1. 选什么作为参考序列 基因组序列既能做表达定量，还能发现新的基因和转录本 转录...
准备阶段 训练SNAP模型，需要准备三个文件，分别是参考基因组序列，组装的转录本序列和同源蛋白序列。 对于参考基因...
NOTE:所有Tombo命令也可用于DRS reads，但必须为剪切的转录本提供转录组参考序列。 运行tombo-...
转录本融合位点上下游序列获取 首先需要理解：基因，转录本(transcripts,isoform，mRNA序列)、...
Salmon 是转录本定量软件，使用转录本定量主要优点一是更准确，比如不同样本同一基因使用不同 isoform 此...
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来...
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来...
本篇的主要内容是：以果蝇蛋白序列数据为参考序列，注释转录组CDS序列。 下载果蝇蛋白序列 打开Flybase下载果...
本文标题：PAH同一转录本之不同版本的参考序列问题
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/wtzbxqtx.html
网友评论