向量
概念
- 元素：数字或者字符串
- 标量：一个元素组成的变量
- 向量：多个元素组成的变量
从向量中提取元素
- 根据元素位置
来自生信星球
#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
- 根据值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
数据框
读取本地数据
read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header= T)
a<-read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header= T)
#其中header=T表示将文件中第一行设为列名字。默认条件下没有行名，如果第一列为行名，row.names= 1表示第一列设为行名
sep="\t" #表示以tab（制表符）为分隔符
csv 文件 sep = “,” # 以逗号分割
txt 文件 sep = “\t” #以制表符分割
其他文件 sep = " " #以空格分割
设置行名和列名
**来自生信星球**
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
数据框的导出
write.table(x,file="yu.txt",sep=",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号
变量的保存与重新加载
**来自生信星球**
保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令
提取元素
**来自生信星球**
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
提取某两列作散点图
a <-data.frame(case=paste("S",1:50),values=runif(50))
plot(a$case,a$values)#缺点数据框名a在代码中重复出现
#方法一
attach(a)
plot(case,values)#做完后将a删除出搜索环境 detach（a）
局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。
#方法二
with(a,{
plot(case,values)
x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x
思考：
save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？
原因是变量"X"不存在，可能是大小写的问题，尝试改为小写"x"
思维导图
数据结构
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