美文网首页
vcf文件按照家系合并，批量处理-2020-01-10

vcf文件按照家系合并，批量处理-2020-01-10

作者: 爬山小虎 | 来源:发表于2020-01-10 12:41 被阅读0次
cat config | while read id
do
    arr=(${id})
    F=${arr[0]}
    M=${arr[1]}
    YS=${arr[2]}
    CF=${arr[3]}

    echo $F $M $Prob $YS $CF
    
    bgzip -c $F > $F.gz
    tabix -f $F.gz
    bgzip -c $M > $M.gz
        tabix -f $M.gz
        bgzip -c $YS > $YS.gz
        tabix -f $YS.gz
        bgzip -c $CF > $CF.gz
        tabix -f $CF.gz
    
    /home/omics2017/hx_du/program/bcftools-1.9/bcftools merge -O v $F.gz $M.gz $YS.gz $CF.gz > ${M%%.*}.dedup.merge.vcf
done

相关文章

网友评论

      本文标题：vcf文件按照家系合并，批量处理-2020-01-10

      本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/wvepactx.html

      延伸阅读

      深度阅读

      • 您也可以注册成为美文阅读网的作者，发表您的原创作品、分享您的心情！

      栏目导航

      热点阅读

      关于我们|服务条款|联系我们|vcf文件按照家系合并，批量处理-2020-01-10|投稿指南|网站地图|RSS订阅|排版工具|手机版

      提供经典美文摘抄,优美散文欣赏,现代诗歌精选,短篇小说,心情随笔,表白情书范文,故事会在线阅读欣赏

      Copyright © 2014-2023 Haomeiwen.com All Rights Reserved. 好美文阅读网 版权所有

      备案信息：桂公网安备 45052102000051号 · 桂ICP备13007215号-3

      本站所收录作品、热点评论等信息部分来源互联网，目的只是为了系统归纳学习和传递资讯

      所有作品版权归原创作者所有，与本站立场无关，如不慎侵犯了你的权益，请联系我们告知，我们将做删除处理！