Journal of Hepatology | 博奥晶典单细胞项

2020年6月4日，博奥晶典单细胞合作客户北京工业大学环境与生命学部阎新龙教授团队、解放军总医院第五医学中心刘兵研究员团队、军事科学院军事医学研究院裴雪涛研究员团队和岳文研究员团队合作在肝领域权威期刊Journal of Hepatology（IF=20.582）在线发表了题为“Single cell transcriptomic architecture and intercellular crosstalk of human intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究成果。该研究首次利用单细胞RNA测序技术在单细胞尺度分析人肝内胆管细胞癌组织中成纤维细胞亚群与肿瘤细胞之间的相互作用，并通过体内外实验进行功能验证和机制研究。博奥晶典为该研究给了单细胞测序技术服务。至此，博奥晶典单细胞平台已经支持客户发表17篇高水平科研论文，累计影响因子246.385！接下来小编带大家一起看一下这篇文章的主要研究内容。

单细胞测序揭示肿瘤基质微环境

在肝内胆管细胞癌中的作用

Single cell transcriptomic architecture and intercellular crosstalk of human intrahepatic cholangiocarcinoma

【发表期刊】Journal of Hepatology

【影响因子】20.582

【发表时间】2020年6月

【关键词】肝内胆管癌、单细胞测序、肿瘤异质性

研究背景

肝内胆管细胞癌（Intrahepatic cholangiocarcinoma，ICC）是肝第二大最常见的恶性肿瘤。肝内胆管细胞癌具有显著的肿瘤异质性和纤维组织异常增生现象（desmoplastic stromal reaction）。肿瘤组织内部复杂的细胞间通讯以及免疫细胞和基质细胞分泌的细胞因子、趋化因子和基质成分等协同促进了肿瘤生长。因此，在单细胞水平系统性解析ICC的转录组结构，尤其是肿瘤中激活的基质细胞在肝内胆管细胞癌中的作用，对于阐明驱动ICC进展的机制和发现新的治疗方法至关重要。

研究结果

1单细胞测序绘制肝内胆管癌细胞图谱

利用单细胞RNA测序技术(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)绘制了肝内胆管癌细胞图谱，得到10个细胞亚群，并鉴定了各个亚群的marker基因。在单细胞尺度分析人肝内胆管细胞癌组织中成纤维细胞亚群与肿瘤细胞之间的相互作用。

2单细胞测序发现vCAF新亚群

单细胞测序发现并且定义了六个成纤维细胞亚群，其中MCAM 阳性的血管样特征的成纤维细胞 (vascular cancer-associated fibroblasts，vCAF）占比最高，并且基于推断的受配体分析发现vCAF和ICC细胞富集了IL6-IL6R受配体对。

3体外实验验证vCAF亚群功能

研究人员经流式分选并扩大培养vCAF亚群，通过体内外实验发现血管样成纤维细胞亚群能够显著促进肿瘤和肿瘤干细胞球增殖。进一步通过高通量芯片分析发现vCAF亚群能够显著诱导肿瘤细胞中表观遗传调控相关的多个通路改变，包括EZH2的表达上调。大量的体内外功能学实验证明了vCAF亚群可以通过IL-6 / IL-6受体（IL-6R）显著诱导肿瘤细胞中EZH2表达上调，并增强ICC恶性程度。反过来ICC肿瘤细胞的外泌体能够携带miR-9-5p上调vCAF中的IL-6表达，从而促进ICC恶性进程。

研究结论与意义

该研究结果给了人肝内胆管细胞癌中单细胞分辨率的转录组概貌（landscape），为阐明ICC肿瘤异质性给了完善的数据资源，并在单细胞层面和体内外功能水平剖析了ICC细胞与vCAF之间的相互作用，揭示了ICC治疗的潜在靶标。

据悉，该项研究由北京工业大学、解放军总医院第五医学中心、军事科学院军事医学研究院等机构合作完成。北京工业大学环境与生命学部阎新龙教授、解放军总医院第五医学中心刘兵研究员、军事科学院军事医学研究院裴雪涛研究员、岳文研究员为文章的共同通讯作者。军事医学研究院博士生章敏、北京工业大学硕士生杨慧和万令飞、解放军总医院王兆海主任医师、军事医学研究院博士生王海洋为论文的共同第一作者。该课题获得北京市长城学者人才计划、北京工业大学高层次人才计划、国家自然科学基金等项目的资助。

博奥晶典单细胞测序平台

博奥晶典作为国内第一批引进10x Genomics平台的公司，率先在国内开展上万级通量的单细胞转录组测序服务。并于2018年9月与BD（中国）成立单细胞研究联合实验室，致力于大规模单细胞测序产品的开发和打磨。目前已经完成了4000多个样品、100多种不同样品类型的服务，覆盖的物种和样品类型包括人和小鼠的肝、肺脏、皮肤、心、脑、肾、血液、卵巢、神经，以及鸡、斑马鱼、猪、水稻、拟南芥、油菜、白菜、橄榄等，是目前国内大规模单细胞测序经验丰富的公司。

博奥晶典于2019年12月同时获得了单细胞转录组、单细胞ATAC、单细胞免疫组库3个服务产品的官方CSP认证，成为目前国内唯一一家同时获得3项10x单细胞测序服务官方认证的公司。

博奥晶典支持单细胞测序文章分别发表在Cell、Cell Stem Cell、Journal of Hepatology、Cell Research、GUT、Nature Communications、PNAS、Cell Reports、Cancer Research等期刊，应用领域涉及细胞图谱绘制、类器官、生殖发育、干细胞、血管老化、血管异质性、肿瘤异质性、肿瘤免疫治疗、疾病机制研究等。至此，博奥晶典已累计支持客户发表单细胞高分文章17篇，影响因子246.385分，是目前国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。