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#查看文件行数
wc -l out/14-3-3.hmm.out
#筛选identity大于75%的序列
cat blastp.out |awk '$3>75' |cut -f1 |sort -u > blastp_result_id.list
#过滤筛选得到E-value小于1*10-20,先拿到序列号，hmmsearch结果
grep -v "#" NBS-ABC.out|awk '($7 + 0) < 1E-20'|cut -f1 -d " "|sort -u > NBS-ARC_qua_id.txt
#批量文件使用clustaw2
echo "1\nWRKY_domain.fa\n2\n1\nWRKY_domain.aln\nWRKY_domain.dnd\nX\n\n\nX\n" |clustalw2
#muscle 生成phy格式
muscle -in mouse_J.pro -physout seqs.phy
#ClustalW2 生成phy格式###不好用啊
echo "1\nyour.fa\n2\n9\n1\n4\n\n1\nyour.phy\nyour.dnd\nX\n\nX\n" |clustalw2
#MAFFT 生成phy格式
mafft --auto --phylipout --inputorder final.faa > final.phy
comm -12 file1 file2 Print only lines present in both file1 and file2
comm -3 file1 file2 Print lines in file1 not in file2, and vice versa
#提取某列大于多少的所有行
cat all_to_Gsoja | awk '$3>80'|sort -u > all_to_Gsoja_list
#提取某列
cut -f2###第二列
Linux cut命令用于显示每行从开头算起 num1 到 num2 的文字。
语法
cut [-bn] [file]
cut [-c] [file]
cut [-df] [file]
参数:
-b ：以字节为单位进行分割。这些字节位置将忽略多字节字符边界，除非也指定了 -n 标志。
-c ：以字符为单位进行分割。
-d ：自定义分隔符，默认为制表符。
-f ：与-d一起使用，指定显示哪个区域。
-n ：取消分割多字节字符。仅和 -b 标志一起使用。如果字符的最后一个字节落在由 -b 标志的 List 参数指示的
Linux sort命令对文件进行排序
语法
sort [-bcdfimMnr][-o<输出文件>][-t<分隔字符>][+<起始栏位>-<结束栏位>][--help][--verison][文件]
参数:
-b 忽略每行前面开始出的空格字符。
-c 检查文件是否已经按照顺序排序。
-d 排序时，处理英文字母、数字及空格字符外，忽略其他的字符。
-f 排序时，将小写字母视为大写字母。
-i 排序时，除了040至176之间的ASCII字符外，忽略其他的字符。
-m 将几个排序好的文件进行合并。
-M 将前面3个字母依照月份的缩写进行排序。
-n 依照数值的大小排序。
-u 意味着是唯一的(unique)，输出的结果是去完重了的。
-o<输出文件> 将排序后的结果存入指定的文件。
-r 以相反的顺序来排序。
-t<分隔字符> 指定排序时所用的栏位分隔字符。
+<起始栏位>-<结束栏位> 以指定的栏位来排序，范围由起始栏位到结束栏位的前一栏位。
--help 显示帮助。
--version 显示版本信息
Linux grep 命令用于查找文件里符合条件的字符串。
grep 指令用于查找内容包含指定的范本样式的文件，如果发现某文件的内容符合所指定的范本样式，预设 grep 指令会把含有范本样式的那一列显示出来。若不指定任何文件名称，或是所给予的文件名为 -，则 grep 指令会从标准输入设备读取数据。
语法
grep [-abcEFGhHilLnqrsvVwxy][-A<显示列数>][-B<显示列数>][-C<显示列数>][-d<进行动作>][-e<范本样式>][-f<范本文件>][--help][范本样式][文件或目录...]
参数：
-a 或 --text : 不要忽略二进制的数据。
-A<显示行数> 或 --after-context=<显示行数> : 除了显示符合范本样式的那一列之外，并显示该行之后的内容。
-b 或 --byte-offset : 在显示符合样式的那一行之前，标示出该行第一个字符的编号。
-B<显示行数> 或 --before-context=<显示行数> : 除了显示符合样式的那一行之外，并显示该行之前的内容。
-c 或 --count : 计算符合样式的列数。
-C<显示行数> 或 --context=<显示行数>或-<显示行数> : 除了显示符合样式的那一行之外，并显示该行之前后的内容。
-d <动作> 或 --directories=<动作> : 当指定要查找的是目录而非文件时，必须使用这项参数，否则grep指令将回报信息并停止动作。
-e<范本样式> 或 --regexp=<范本样式> : 指定字符串做为查找文件内容的样式。
-E 或 --extended-regexp : 将样式为延伸的正则表达式来使用。
-f<规则文件> 或 --file=<规则文件> : 指定规则文件，其内容含有一个或多个规则样式，让grep查找符合规则条件的文件内容，格式为每行一个规则样式。
-F 或 --fixed-regexp : 将样式视为固定字符串的列表。
-G 或 --basic-regexp : 将样式视为普通的表示法来使用。
-h 或 --no-filename : 在显示符合样式的那一行之前，不标示该行所属的文件名称。
-H 或 --with-filename : 在显示符合样式的那一行之前，表示该行所属的文件名称。
-i 或 --ignore-case : 忽略字符大小写的差别。
-l 或 --file-with-matches : 列出文件内容符合指定的样式的文件名称。
-L 或 --files-without-match : 列出文件内容不符合指定的样式的文件名称。
-n 或 --line-number : 在显示符合样式的那一行之前，标示出该行的列数编号。
-o 或 --only-matching : 只显示匹配PATTERN 部分。
-q 或 --quiet或--silent : 不显示任何信息。
-r 或 --recursive : 此参数的效果和指定"-d recurse"参数相同。
-s 或 --no-messages : 不显示错误信息。
-v 或 --revert-match : 显示不包含匹配文本的所有行。
-V 或 --version : 显示版本信息。
-w 或 --word-regexp : 只显示全字符合的列。
-x --line-regexp : 只显示全列符合的列。
-y : 此参数的效果和指定"-i"参数相同。
eg:
从文件内容查找匹配指定字符串的行：
$ grep "被查找的字符串" 文件名
例子：在当前目录里第一级文件夹中寻找包含指定字符串的 .in 文件
$ grep "thermcontact" /.in
从文件内容查找与正则表达式匹配的行：
$ grep –e "正则表达式" 文件名
查找时不区分大小写：
$ grep –i "被查找的字符串" 文件名
查找匹配的行数：
$ grep -c "被查找的字符串" 文件名
从文件内容查找不匹配指定字符串的行：
$ grep –v "被查找的字符串" 文件名
从根目录开始查找所有扩展名为 .log 的文本文件，并找出包含 "ERROR" 的行：
$ find / -type f -name "*.log" | xargs grep "ERROR"
例子：从当前目录开始查找所有扩展名为 .in 的文本文件，并找出包含 "thermcontact" 的行：
find . -name "*.in" | xargs grep "thermcontact"
linux find命令
将目前目录及其子目录下所有延伸档名是 c 的文件列出来。
$ find . -name "*.c"
将目前目录其其下子目录中所有一般文件列出
$ find . -type f
将目前目录及其子目录下所有最近 20 天内更新过的文件列出
$ find . -ctime -20
查找/var/log目录中更改时间在7日以前的普通文件，并在删除之前询问它们：
$ find /var/log -type f -mtime +7 -ok rm {} \;
查找前目录中文件属主具有读、写权限，并且文件所属组的用户和其他用户具有读权限的文件：
$ find . -type f -perm 644 -exec ls -l {} \;
为了查找系统中所有文件长度为0的普通文件，并列出它们的完整路径：
$ find / -type f -size 0 -exec ls -l {} \;
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