生物活性食物是一种委婉的表达，实际上发酵食物中含有大量的活性细菌和真菌。不过生物活性听上去更容易接受。比如水洗奶酪就是一层覆盖着细菌和真菌的生物膜奶酪。而在食用泡菜的同时也有无数微生物进入了人体内与原本就在肠道内的菌群，而它们会产生的反应就不得而知了。
宾夕法尼亚州的一位药剂师写了一本《适合早餐的细菌：有益健康的益生菌》。这本书里不厌其烦地介绍了发酵食物与益生菌的保健作用，其中最常见的就是乳酸杆菌。书中罗列的这些菌群促进人体消化，抑制炎症，并且可以训练免疫系统。而这种论点在许多文化中都被认同。罗马人很早就利用生物活性食品治疗各种小毛病，而孔子也认为延年益寿的关键就是每一顿饭都佐以姜发酵的调味品。
事实上很多疾病都与肠道健康有关，疾病又会影响心理问题。所以有人提出了肠道与心理综合症的饮食疗法。卡索邦博士在《米德镇的春天》中声称自己找到了破解所有神话的健康钥匙，这把钥匙就是乳酸发酵的泡菜。虽然许多人认为，发酵先锋组织带着伪科学的成分，也努力去证明康普茶并不能治愈糖尿病。但是大量研究也的确证明发酵食品在肠道保健的作用，以及对身心健康的重要意义。
许多研究肠道微生物群的文献都会提出相似的结论，停留在肠道中的微生物对人体影响极大，而发酵则是人类与其他物种关系发生根本转变的临界点。人体细胞中有90%不是自体细胞，而是组成这些微生物的细胞，滞留在体内和体表的细菌或者是与人体无害的共生体，要么就是必须防范的病原菌，而人们在挑选抗生素作为武器时常常错杀了许多敌人，让自己陷入了更大的困境。
肠道内的细菌实际上是一个生态系统，由复杂的群落和多物种构成。事实上人们能够健康生存得益于与它们的和谐相处。在整个生命历程中，大约有60吨食物从胃肠道经过，这注定是充满危险的过程。肠道微生物承担了大部分危险的工作，把难以消化的碳水化合物分解成有机酸，再变成细胞所需的优质养分。如果大肠杆菌和沙门氏菌过多就会破坏肠壁，人们对有毒的食物就不会敏感。
科学家在研究过程中也提出了一个有趣的问题，就是人们在借助细菌实现所有重要功能的时候，会不会自己进化出一部分功能。不列颠哥伦比亚省维多利亚大学进行的研究发现日本人的肠道里有一种常见细菌能产生消化海藻的酶，细菌把它纳入了基因组，这在其他人群中没有，所以日本人在食用海藻后可以充分吸收其营养。细菌已经完成了二十亿年自然选择活动，包括新陈代谢发酵和光合作用。从进化角度来看人与微生物组成同盟是非常有意义的。
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