2019-07-03 Day3_ZHI

Linux的软件管家Minicoda.png

Linux环境下的软件安装

学习内容

1. conda=“linux的应用商店”
2. 服务器下载conda/miniconda
3. 安装和配置miniconda
4. 使用miniconda管理软件
5. conda环境

1. 准备

1. 查看是否有bzip2这个压缩软件
2. 安装bzip2命令行：yum install -y bzip2

2. 下载Miniconda

1. 命令getconf LONG_BIT查看服务器位数
2. 搜索Miniconda，找到官网Linux Python（最新版）正交的miniconda版本，右键复制下载地址。
3. 到心仪路径下，wget 粘贴网址

3.安装

1. bash 接sh后缀脚本
2. 有yes,输yes,无则回车，直到提示谢谢安装
3. 激活：source ~/.bashrc
4. 输入conda测试，满屏信息则安装成功；若失败，从bash重来
5. 添加镜像，下列4行命令
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

5. 使用

1. 查看当前所有软件列表 conda list
2. 搜索软件 conda search fastqc [eg.数据质控软件fastqc]
3. 安装软件 conda install fastqc -y [自动安装fastqc]
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

conda 环境

个人理解：等同于R的一个project。类似于同一台电脑上，同时打开了R的不同project调用了R包。在一个project中，通过不同R包的调用组合，达到我们的目的

1. 查看当前conda环境 conda info --envs
2. 创建环境：建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic，命令如下
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. 再次查看conda环境 conda info --envs
4. 激活新环境conda activate rna-seq
5. 卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
   卸载环境conda remove -n rna-seq --all
   卸载环境全部软件。先退出该环境，输入conda deactivate!