生信软件安装之Python

• Python是一门解释性语言
• Python的包管理工具：pip
• Python的手动安装方法

使用Python包管理工具

• PIP：从源代码进行编译安装
• CONDA：下载预编译代码解压安装
• 所以首先推荐先用CONDA进行安装，再考虑用PIP

安装deeptools

• deeptools的使用方法
• 先在conda现在安装吧，在python2的环境下表现比较好

# 进入conda环境
vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ source miniconda3/bin/activate
# miniconda3是python3环境，新建一个新的python2的环境
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ conda create -n python2 python=2
CondaValueError: prefix already exists: /home/vip39/miniconda3/envs/python2
# 提示我已经存在，貌似前面安装过python2的环境，是的，安装过
# 启动python2，并安装deep-tools
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ conda activate python2
(python2) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ conda install deeptools

• 手动安装一个Python工具

1. 下载源代码文件
2. 上传到服务器
3. 阅读安装说明
4. 安装

安装macs2

• MACS2 pypi（pypi：用于管理Python软件包的平台）
• 如果有pip环境，可以直接用pip install MACS2

先试试手动安装吧

• scp命令用于在Linux下进行远程拷贝文件的命令，和它类似的命令有cp。不过cp只是在本机进行拷贝不能跨服服务器
• scp 本地文件 用户名@服务器地址：文件路径

# 先把文件下载到本地电脑桌面上
MacBook-Pro:~ conglee$ cd Desktop/
MacBook-Pro:Desktop conglee$ scp MACS2-2.1.2.1.tar.gz vip39@118.24.216.223:/home/vip39/src
vip39@118.24.216.223's password:
MACS2-2.1.2.1.tar.gz                          100% 1553KB   1.5MB/s   00:01
# 本地MACS2文件上传到服务器成功
# 登录服务器看看吧，第一个就是：
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ ls
MACS2-2.1.2.1.tar.gz            sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh   tree-1.8.0
hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip       tree-1.8.0.tgz
index.html              wget-log
index.html.1                wise2.4.1.tar.gz
ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz  zlib-1.2.11
ncbi-magicblast-1.4.0           zlib-1.2.11.tar.gz
ncbi-magicblast-1.4.0-x64-linux.tar.gz

• 第二种方法：使用软件Filezilla

  
  Filezilla传输文件
• 可以看到远程服务器MACS2的文件，就是上面我们scp传输的文件，想要通过Filezilla传输文件，可以直接从左拖到右边。

安装MACS2

# 阅读一下INSTALL.rst

## Prerequisites

Python version must be equal to *2.7* to run MACS. I recommend
using the version *2.7.9*.

[Numpy](http://www.scipy.org/Download) (>=1.6) are required to run MACS v2. 

GCC is required to compile `.c` codes in MACS v2 package, and python
header files are needed. If you are using Mac OSX, I recommend you
install Xcode; if you are using Linux, you need to make sure
`python-dev` is installed.
# 说明安装前需要准备好python2环境，及Numpy。

• 其实系统已经自带一个python2的环境

关于系统python

• 系统的Python未必符合我们版本要求
• 系统的Python主要是管理系统
• 推荐下载miniconda2环境，使用python2

# 同样，还是到清华镜像去下载：
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh 

Welcome to Miniconda2 4.5.11

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>> 
# 直到这步，选择no
Do you wish the installer to prepend the Miniconda2 install location
to PATH in your /home/vip39/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> no

# 查看环境变量
vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ source miniconda2/bin/activate 
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ echo $PATH
/home/vip39/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ which python
/home/vip39/miniconda2/bin/python
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ source miniconda3/bin/activate 
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ echo $PATH
/home/vip39/miniconda3/bin:/home/vip39/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ which python
/home/vip39/miniconda3/bin/python

为什么不要把Miniconda加入环境变量

• 能够让不同版本的miniconda共存
• 方便管理环境变量PATH

安装Numpy

• 可以使用pip安装

  
  pypi.PNG

• whl结尾文件都是pip安装的，我们这里安装最后那个源代码

  
  numpy.PNG

# 下载并解压
# 查看安装说明
Basic Installation
==================

To install numpy run::

    python setup.py build -j 4 install --prefix $HOME/.local
# 运行上面这行代码就可以安装

python的环境变量

• 查看Python的运行查找路径
  import sys
  print(sys.path)
• 增加Python的运行查找路径
  PYTHONPATH