安装

下载地址：Index of /blast/executables/blast+/LATEST (nih.gov)

选择预编译的linux版本：ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz

#解压
tar -zxvf ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz

解压后的文件名是ncbi-blast-2.10.1+ blast+

绝对路径
/home/user024/ncbi-blast-2.10.1+ blast+

添加环境变量
将BLAST+可执行程序所在目录(bin)的绝对路径加入到环境变量$PATH中，方便通过程序名直接调用。

#可以用 vim 编辑器，在 ~/.bashrc文件 最后输入如上一行
vim .bashrc
#按 i 进入输入模式，在最后加入以下行：
export PATH=/home/user024/ncbi-blast-2.10.1+ blast+/bin:$PATH
#按 esc 退出输入模式，进入命令模式。
wq # 保存并退出
source ~/.bashrc  #使之生效
blastn -version   #验证
#出现版本信息和建立的日期，就证明成功啦

有时使用时会出现-bash: user/APP/blast+/bin/blastp: Permission denied，显示没有权限

一般解决权限问题我都用个 chmod 777 xxx,因为服务器没有权限，所以无法用sudo
但这个用777不好使，所以用的chmod u+x xxx咱也不知道啥意思，反正能用了。如下图

所有程序都不可执行
授权后可以了（变成绿色了），你说气不气

longlong时间之后发现chmod -R 777 bin就可以用了，太气了

气死人

使用

建库

makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

-dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋白

-parse_seqids 推荐加上

-out 后接数据库名

-logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕

比对

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5

-query： 输入文件路径及文件名

-out：输出文件路径及文件名

-db：格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式

-evalue：设置输出结果的e-value值

-num_alignments 显示比对数Default = 250

-num_descriptions：单行描述的最大数目 default=50

-num_threads：线程

#格式6输出结果

Query id
Subject id
% identity
alignment length
mismatches
gap openings
q. start
q. end
s. start
s. end
e-value
bit score