《海边的卡夫卡》讲述一个15岁少年流浪的故事，将柔软未定型的灵魂如何追求自由成长的经历记录下来。
《海边的卡夫卡》分为奇数章和偶数章两个故事交替展开，平行推进。
奇数章的主人公是一位名叫田村卡夫卡的少年，故事以卡夫卡15岁的生日前独自离家出走前开始。他独自坐上了开往四国的巴士，出走的原因是为了寻找自己四岁时就已经抛弃自己的母亲和姐姐，更是为了逃避他将弑父娶母的预言。卡夫卡四岁时母亲带着比自己年长的姐姐离家出走，不知何故，却抛弃了自己的亲生儿子，卡夫卡从来没有见过母亲的照片，甚至连名字也不知道。当他在甲村图书馆的每一个房间里安顿下来时，仿佛是命运在冥冥之中引导，他产生了馆长佐伯是否就是当初离家出走的母亲的疑问。她每天都与少年时代的佐伯的幽灵在梦中邂逅，终于，在一天夜里，他和处于睡眠状态的佐伯发生了肉体关系。馆长佐伯女士是位50多岁意趣高雅的美妇，有着波澜曲折的神秘身世，最终在佐伯的劝说下，少年卡夫卡决定返回现实世界，开始新的生活。
偶数章以一位名叫中田的人为中心展开，他在二战期间读小学时，经历过一次神秘的昏迷事件，不仅丧失了记忆，而且失去了全部的读写能力，在东京，依靠救济勉强生活着，凭借能与猫交谈的能力，他操起了寻找走失猫的副业。中田在神志失控的情况下，与一位自称琼尼沃客的奇异人物不期而遇，在他面前，琼尼沃客用残酷的手段将猫进行连续杀戮，中田不得已将他刺死。中田醒来后决定离开东京西下，在旅途中与长途卡车司机新野相识，并结伴来到高松县，在高松县，中田突然产生了寻找入口之石的念头，新野在山德士上校的帮助下找到了石头，并且将其带回旅馆。在中田的命令下，新野用尽全力打开了这块入口之石。接着，在再次寻找中田脑中的某个地方的过程，他们到达了甲村图书馆，中田对佐伯说：“中田只有一半影子，和您同样。”他们都是分身一般的存在。佐伯将记载着自己人生的三册回忆录交给中田之后，静静地死去，同新野在河滩上将回忆录烧掉的中田也在沉睡中停止了呼吸。死后的中田嘴里钻出了一个滑溜溜的白色生物，新野拼尽全力杀死了他，并将入口之石关闭。完成了中田临终前的嘱托。
家住东京中野村的田村卡夫卡还是四岁的时候，母亲带着比自己年长的姐姐离家出走，田村卡夫卡无力左右父母的离异，也无法选择跟随母亲还是父亲。最终，只能被动地接受命运，从此田村卡夫卡忍受着孤独，在父亲的冷酷与诅咒中成长。他离群索居，在学校，他是个好学生，但性格孤僻，没有任何朋友，他做事有计划，小心翼翼，也从来不惹是生非。而父亲却用希腊神话式的诅咒预感他的未来：“你最终将杀死父亲，并且玷污你的母亲和姐姐。”田村卡夫卡为了逃避这个可怕的诅咒成为了世界上最顽强的15岁少年，田村卡夫卡一个人乘坐长途大巴来到四国的高松县，告别了过去，去寻找自由与自我。田村卡夫卡在离家出走之后，在前往四国的旅途上认识了邻座一个比他年龄稍大的女孩樱花，离别之际樱花还主动留下了联系方式。在那之后的某一个夜中田村卡夫卡梦到自己杀了他的父亲，之后醒来发现自己躺在了花园小树林里，事实上，他的父亲就是在那一天死亡的，看着衣服上的血迹，不知所措。他首先是完全的惊吓，想到了父亲曾经对他的恶毒诅咒，战战兢兢之下，联系了曾经在车上留下电话号码的那个姐姐，即只有一面之缘的樱花来帮忙，并在樱花家里借宿一晚，晚上睡觉的时候，两个人共同睡在一张床上，但是却没有发生性关系，而在田村卡夫卡的梦里，他却与樱花发生了关系。田村卡夫卡怀疑自己。而后，田村卡夫卡在客房每夜都会见到一个少女幽灵，一个15岁的佐伯，并爱上了她，但白天看见现实的佐伯，他又发现少女佐伯潜伏在她的内心，田村卡夫卡搞不清自己究竟爱的是谁，佐伯与他交谈，她说，她15岁时相信有通向另一世界的入口，并试图寻找入口。后来，田村卡夫卡在佐伯睡眠状态下与她发生了性关系。
中田，出生在一个较为富裕的城市家庭，二战期间中田插班到三菱县的一所小学，在一次集体野游中，女教师因在无意识状态下对中田施加暴力殴打，使他陷入了一种魂体脱离的昏迷状态，集体昏睡事件后，中田丧失了记忆，成为了一个目不识丁的智障的人，无法与人交流，但却能和猫对话，老人中田一生靠政府补贴孤独地生活着，天真纯朴如婴童的奇异老人中田靠一点可怜的养金过着极其简单的日子，连买电车票都不会，后来，他遇到了琼尼沃客，这个人以杀猫为业，还铮铮有词地说，我这么杀猫，不仅仅是为了取乐，我之所以杀猫，是为了收集猫的灵魂，用收集来的猫魂做一只特殊的笛子。其实，是田村卡夫卡的父亲化身虐杀猫的变态琼尼沃客，诱惑中田去他家看他肢解活猫，故意刺激中田，中田不堪忍受琼尼沃客对猫的残酷虐杀而将其杀死。琼尼沃客死的时间正好和田村卡夫卡梦中杀了自己父亲的时间吻合，杀人的时候，血喷到了中田的衣服和脸上，中田昏了过去，醒来后，却发现身上一滴血也没有，同时发现，自己失去了跟猫讲话沟通的能力。事故后，中田去自首，三言两语间警察断定中田精神有问题，就没有在意，把他打发走了。之后，中天打算离开事发地，但是他不会坐公交车，各种询问路人，遭遇不少白眼之后，才遇见几个善良的好人，帮他指路，给他搭车。最后，遇见了一个叫新野的货车司机，因为见到中田想起自己刚过世的爷爷，加上中田具有与一般人不同的奇特的吸引力，给了中田需要的诸多帮助。中田的目的地也是四国，在去的途中，中田准确地预言了两次怪事：天上下活的沙丁鱼，下蚂蟥。为此，他感到有一份责任，必须找到一块入口石，一位外貌似肯德基创始人的山德士上校，自称姑且以人的形体出现，不是神，也不是佛，职责就是管理世界与世界的相互关系的老人找到新野，让他与一位哲学系女大学生发生性关系，作为寻找入口石的开始。最后老人给了新野一块入口石，新野将入口石交给了中田。
为了躲避警察，田村卡夫卡再次由大岛送到森林小屋，大岛告诫田村卡夫卡森林里极易迷路，切勿深入，二战期间，曾经有两个士兵演习时，在林中失踪。管理员大岛回到图书馆后，发现中田与新野也找到了这里，中田与佐伯见面，佐伯回忆起中田就是那幅画中的背景人物，并告诉他自己企图与男友活在一个完美无缺的圆圈中，因此，她打开了入口石，并为此受到了报应，20岁就终结了人生。她嘱托中田，将她记录20岁之后的人生的三册原稿烧掉，之后，佐伯平静地死去了。中田与新野遵嘱烧掉了原稿，不久，中田在一次沉睡中终止了呼吸并且中田死后，口中爬出了一个白色的怪物。田村卡夫卡在森林里沉思自己已经应验了父亲的诅咒，但恐怖和愤怒仍在折磨自己，自己将何去何从，他下定决心深入森林。遇到那两个失踪的士兵，他们声称留在这里没有打仗杀人，并把他领到了一个住所，这里与世隔绝，不会受任何伤害。此时，田村卡夫卡已经进入入口石的另一个世界，接着，他所爱的15岁的佐伯出现在他的住所，为他洗衣做饭，表示愿意随叫随到。但50岁的佐伯随后也到来了，劝说田村卡夫卡返回现实世界，即使那里无人爱他，佐伯承认她是他的母亲，为年幼时抛弃他表示道歉，田村卡夫卡原谅了她。新野在一头猫的指点下，用入口石砸死了从中田尸体里钻出的白色怪物，完成了中田生前的嘱托，关闭了另一个世界的入口，田村卡夫卡因入口关闭得以离开虚幻的森林，回到甲村图书馆。
管理员大岛告诉他，佐伯已经死了，遗言是把那幅画赠给他，田村卡夫卡告别大岛之后，与樱花通过电话确立了姐弟关系，返回东京的家，决心成为新世界的一部分。
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