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用uniq -c 获得的每个字符串的个数的一列该如何提取

用uniq -c 获得的每个字符串的个数的一列该如何提取

作者: 宗肃書 | 来源:发表于2021-10-25 19:41 被阅读0次

以snpeff注释过的vcf文件为例,我需要提取每个snp注释的类型并把这些类型排序计数,然后得到每个类型的个数
思路都在下面这条命令里面

cat BC.zk.snpeff.vcf|grep -v "#"|cut -f8 |tr "|" "\t"|tr "&" "\t"|cut -f2|sort|uniq -c|tr " " "\n"|grep -E '[0-9]$'   

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