写在前面
前两天我在推文中提到,我们用我们的软件讲培训,主要表达的意思是,培训讲师几乎都是软件的原作者。这类在市面上,还是很少。与此同时,还想表达的意思是,就我个人而言,会在培训前中后,专门针对软件进行完善和优化,从而使得讲演和软件整体更为完善。
场景描述
在过几天的培训中,我们会拿到转录组的基因表达量表格,覆盖8
个时期,每个时期3
个生物学重复。在后续时间序列分析上,软件往往要求一个基因一个时间点只有一个数值(即三个生物学重复需要压缩成一个)。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/f65ab20c1093393b.png)
于是,如何完成压缩,是一个问题。
使用 TBtools 进行列压缩
当然,如果直接写个单行命令,也不是不行,就是相对麻烦。在这种时候,可以写个小脚本。不过思来想去,这个需求在我身上出现也不止一两次。干脆就给 TBtools 增加一个功能,方便讲演开展,也方便用户和我以后的数据分析。结果如下,Others
-> Table/Text File manipulator
-> Tabel Column Collaspe
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/a8b4438af1ca1021.png)
使用简单
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/a2d08e8706b53fb1.png)
可以简单使用少量文本调试
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/35d60643c738174d.png)
注意到,基因汇总模式有多种选项:
- Mean
- Sum
- Min
- Max
- Var
- Sd
....
写在最后
很久没有在 TBtools 主程序更新功能了。当然主要原因还是似乎没看到新的有意思的需求。
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