cMAP新版clue的使用——CELL APP

作者: Clariom | 来源:发表于2020-06-16 23:31 被阅读0次

之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析——旧版build2的使用那期已经讲解过，今天就来简单介绍下CLUE平台的使用！由于CLUE平台的功能很多，会分多期讲解。上一期cMAP新版clue的使用——Morpheus已经简单介绍了Morpheus的操作方法，今天开始 CELL APP的介绍！

cMAP新版clue在线分析，网站：https://clue.io/。

clue的主工具区（Tools）

image

今天主要介绍CELL APP，该工具主要用于探索网站收录的3000多个细胞系，可以查看都有哪些细胞系，它们具体的注释情况，也可以下载所有细胞的信息。

CELL APP介绍

首先点击Tools—CELL APP，进入如下界面，左侧为分类条件，可根据自己感兴趣的条件选择查看细胞信息。右侧上部为细胞的组成可视化图，一目了然的可以看到这3000多个细胞大概分几大类，各自的占比区域，非常直观。右侧下部就是具体的细胞及其注释信息，可点击齿轮按钮选择所需注释信息，也可以点击export下载细胞信息。

image

CELL APP衍生

以下抛出这样一个问题："如果将所有细胞信息下载下来，如何绘制这个细胞组成可视化图？"

首先由上图推测数据源自多个注释信息，主要是 Cell iname和Cell lineage这两项，通过以下export下载这两列信息，保存至excel表格中。

##首先清除环境，安装并加载所需要的R包
rm(list = ls()) #清除环境内存

##常规R包安装
# options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))
# options()$repos 
# install.packages("treemapify") #更换多个镜像下载依然失败
# devtools::install_github("wilkox/treemapify") #下载太缓慢总失败

##部分R包下载总出现问题，所以选择下载后本地安装
# install.packages("shades_1.4.0.tar.gz",repos = NULL)
# install.packages("ggfittext_0.8.1.tar.gz",repos = NULL) 
# install.packages("treemapify_2.5.3.tar.gz",repos = NULL)  #ggplot2的拓展包
# install.packages("ggplot2") 
# install.packages("readxl") 
# install.packages("RColorBrewer")

##加载R包
library(ggplot2)
library(treemapify) #载入后可查看帮助文档，该如何使用?
library(readxl) 
library(RColorBrewer)

##读入数据并对数据做简单处理
data<-read_excel("treeplot.xlsx",1)    #读入excel数据
data<-as.data.frame(data) # 将data转换为data.frame格式
colnames(data)=c("lineage","name")

##绘图
g=ggplot(data, aes(area = 1,fill=lineage, subgroup = lineage, subgroup2 = name )) +
  geom_treemap()+
  geom_treemap_subgroup_border(colour = "black", size = 3)+
  geom_treemap_subgroup2_border(colour = "white", size = 2) +
  geom_treemap_subgroup_text(place = "middle",colour = "black",alpha = 0.8,grow = T) +
  guides(fill=FALSE)
print(g)
ggsave("treeplot.pdf", width = 15, height = 10, units = "cm")

通过以上代码得到如下结果, 与官网图比较来看，大部分信息是吻合的，但在细节上官网图显然还加入了更多注释分类。这一点大家可以自行补充。