先天性自闭症可分为单一性先天性自闭症，先天病理性交叉先天性自闭症。与后天病理性交叉的先天性自闭症。前两者在母体内就已涉及到神经系统发育方面等软性的，介于生理性与非生理性疾病之间，而在医学上难以检测的发育障碍或者疾病。
其后天病理性交叉，存在先天已发性疾病，与先天潜伏易变基因，而导致后天生理性发病，所致的同步交叉存在的先天性自闭症。
同时也存在于先天性潜伏基因，于母体中因先天性疾病而导致激活先天性潜伏自闭症基因。以至于最后终以先天性自闭症，和先天性生理疾病同时存在现象。
导致先天性自闭症，主要因父母于大环境或者心理精神层次的影响，而导致母体在受孕之前，就已存在夫妻双方或一方的自身基因问题。而大环境涉及到心理精神，生活习惯，社会结构，生态环境，乃至于国家与教育文化等。
其次主要是母体微环境影响。而微环境涉及到母体的性格性情，生理系统。在怀孕期间又涉及到食物，环境，心理精神正负层次，治疗自身疾病药物，自身疾病治疗康复过程等导致的生物自救体系排斥生异功能。以及母体养胎类食品或药物保健品等。同时和母体在怀孕期间，其本身所生疾病过程遗留问题，都完全有可能诱发，生成，和激活先天性自闭症未发，已发，和潜伏基因。
先天性自闭症因素
1.社会大环境
2.生活小环境
3.母体微环境
4.先天性病理诱变
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