1. 目的
最近在使用singularity的时候，想从singularity HUB拉一个镜像，结果在拉取镜像的时候报错，老是出现如下报错：
singularity pull shub://aertslab/pySCENIC
报错
而且查询了半天，也没有找到合适的解决方案，开始以为的权限的问题，后面使用root权限，还是解决不了，然后以为是网络问题，翻墙，结果还是有报错。而且我根据官网的使用方法，还是报错：
singularity pull shub://aertslab/pySCENIC
singularity pull --name avocado_container.sif shub://aertslab/pySCENIC
2. 解决办法
我首先在官网参考使用手册，我在使用测试命令的时候，是没有问题的，其命令如下：
singularity pull shub://vsoch/hello-world
测试运行
既然测试命令没有问题，那可能就是我的命令有问题，然后我查了一下我的这个进行，看到了这个镜像有很多不同的版本，如果我加上版本号呢？说不定就可以了。
不同版本的镜像
singularity pull shub://aertslab/pySCENIC:0.9.18
加上版本号运行结果
加上版本号以后，结果特别的顺畅，一下就ok了，现在看来，这个问题其实很简单，只是加上一个版本号就可以了，可能是singularityhub有很多版本，不知道选择哪一个版本，才会出现报错。
其实在镜像下载的时候，可以设定一些参数，比如设置指定路径、名称等等。如果是在singularityhub下载镜像的话，需要shub://开头，其他不同地址，如果是docker的话，需要指定docker://。可以根据不同的镜像来源，设置。
#Custom Name
singularity pull --commit shub://vsoch/hello-world
#Name by commit
singularity pull --commit shub://vsoch/hello-world
#Name by hash
singularity pull --hash shub://vsoch/hello-world
#Pull to different folder
SINGULARITY_PULLFOLDER=/tmp
singularity pull shub://vsoch/hello-world
3. 镜像使用
镜像下载以后，就可以直接使用镜像进行分析，由于pySCENIC镜像有特定的测试数据集，因此这里先进行测试，测试是否安装成功或者镜像是否正确，测试命令如下：
# Choose your preference to pull the container from Singularity Hub (once)
singularity pull shub://aertslab/pySCENIC
# Then interact with it
singularity run pySCENIC.sif
singularity exec pySCENIC.sif ls /
singularity shell pySCENIC.sif
结果测试的时候的时候，又出现了报错，这里的报错是root filesystem问题，从报错来看，是因为没有root权限的问题，然后我切换到root账号，再进行运行，结果没有问题了，而且这个测试的过程，感觉与docker很像，基本上一致的，这里进行的交互运行。
测试报错
交互测试
4. 总结
从上面测试的结果来看，发现这个也需要root权限，本来我想使用singularity就是因为docker需要root权限，我才想改的，结果这个也要root权限，这将大大的现在目前的使用。我对singularity来说，完全是一个入门者，因此有些理解可能不太正确，我记得在之前的测试，有的不需要root权限，我在测试nf的时候，就不需要root权限，这个可能是由于不同的镜像缘故吧。
网友评论