linux笔记

作者: 苏可_7fe6 | 来源:发表于2019-07-25 14:50 被阅读0次

1.cd /share/disk5/suke 和cd两个目录阔以使用

conda create -y --name bioinfo python=3.7
conda activate bioinfo
根据项目创建所需环境，以后可以某一系列只激活这个环境
3.安装qiime2
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.4-py36-linux-conda.yml
下载建立qiime2 环境所需的所有文件目录；
conda env create -n qiime2-2019.4 --file qiime2-2019.4-py36-linux-conda.yml
更新
任意目录进入qiime2：
source activate qiime2-2019.4
退出：source deactivate
更新qiime2：
conda update -n base -c defaults conda
4.shell脚本比对txt提取样本
sed "1d" /share/disk5/zhuqh/16S/3groups_with_clinical_info_190/mapping.txt|awk '{print $1}' > tmp while read line;do cp -r$ line delete_dir/.;done<tmp