书由抗金之铁衣教衰落写起，转写黄药师少年文才飞扬，被铁衣教强行尊拜为教主，他儒盗朱熹，得《弹指神通》，初显个性，终因领袖不善，累得教中兄弟惨死，铁衣教被迫并入另一 抗金大帮――丐帮。
西湖弄潮祭坟，黄药师结识岳飞后人，得《武穆遗书》学岳家长拳。中秋劫舟骂帝，误打误撞与铁掌帮主做下逼帝起兵伐金的壮举。英雄大会上，黄大败少林武僧赵宗印、揶揄辛弃疾、文斗胜段智兴，助王重阳夺得武林盟主。不料皇帝昏聩，不认民间推举的义军首领，降诏任命赵宗印统令民间义军策应宋军，结果北伐惨败，铁掌帮、丐帮、全真教就此势微。因曲灵风盗画而起，曲、黄被大魔头冯哈哈骗入禁地，阴差阳错，黄幸免一死，救下冯哈哈孙女冯蘅。魔头冯哈哈此时神志失常，远走大理。黄药师夺岛，做起桃花岛主来。
黄、冯西去大理路上，拽僧蹴鞠、得落英神剑、软猥铠甲，误失《九阴真经》，雾障云和，做下无数鬼谲奇事。到了大理，黄药师与段智兴争执受辱，愤然出门。大理千秋岩上，大魔头冯哈哈已经作古，被弟子独孤求败害死。黄冯找不着独孤报仇，重返桃花岛，途中火烧雷峰寺，收六徒，过起与世无争的日子。
乾坤五绝合斗岳门三煞，华山之巅，夺下《九阴真经》。冯蘅药昏黄药师，致使真经落入王重阳之手。黄冯争执，冯蘅负气出走。颠沛流离，终于重逢，相约三生。一部《九阴真经》再起风波，黄药师得而复失，驱逐弟子，累死冯蘅。老顽童插科打诨，黄药师放不下爱女，终于打消身赴汪洋念头，郁郁终生……
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