融合基因功能预测数据库

昨天我们介绍的融合基因查询的数据库，可以查询发生基因融合的基因。由于发生了基因融合，所以就相当于形成了新的基因，对于这种基因的功能是什么，昨天的数据库没有介绍。今天我们就来介绍用来查询融合基因功能的数据。FusionGDB(https://ccsm.uth.edu/FusionGDB)

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数据库分析流程

由于要分析融合基因的功能，所以第一步就是要选择分析哪些融合基因的功能。这里作者纳入了三个数据库当中和肿瘤相关的融合基因。这三个数据库分别是ChiTaRS 3.1、TumorFusions以及一篇基于TCGA分析融合基因文章(pmid: 29617662)。最终收集到了48000个融合基因。进一步作者对这这些融合基因进行肿瘤相关的功能注释。

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主要注释内容

对于这些的融合基因，作者进行了多种功能的注释。

1. 通过开放阅读框进行功能注释。融合基因通过开放阅读框注释成不同的类型。

2. 对可能致癌的机制进行了注释

3. 对其基因功能变化进行了注释

4. 以及对下游的基因表达的变化的注释

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数据库使用

对于数据库的使用而言，比较简单，我们输入我们想要查看的和某一个基因有关的融合基因即可。例如我们这里输入: ABL1.

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首先，我们能看到的是和这个基因有关的融合基因。我们点击我们想要查看的融合基因的ID号就可以查看其具体的信息。例如我们选择: ABL1_BCR。

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结果的展示出了相关基因的具体信息，我们还可以查看融合基因蛋白相互作用、药物相关信息以及和基因相关的信息

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其中关于融合基因蛋白相互作用的预测是基于BIOGRID（v 3.4.260）数据的结果来的。

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关于融合基因药物和疾病相关的数据来自于DrugBank和DisGeNet。

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数据下载

另外这个数据库提供了所有相关数据的下载，如果想要查看某一个方面的所有数据库的话，可以来下载具体的数据。

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