需要软件与文件

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“文本编辑器”软件Notepad++：https://github.com/notepad-plus-plus/notepad-plus-plus/releases/download/v8.1.9.3/npp.8.1.9.3.Installer.x64.exe

IGV软件：https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.16/IGV_Win_2.16.0-WithJava-installer.exe

下载以上两个软件，双击安装

fasta文件：新冠基因组fasta文件；注意这个文件一般是最早武汉的原始株；下载：

TS下载参考基因组

保存如下基因组，点击红框处，直到看到序列，右击鼠标，点击保存到（save as）本地。

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1、使用IGV软件，打开基因组fasta文件

双击打开IGV软件，点击左上角的Genomes，点击load genome from file，选择已下载的基因组文件“ion_ampliseq_sars-cov-2-insight.fasta”

IGV软件加载基因组

显示需要修改位置附近的参考基因组序列（假设需要需改3030bp的碱基）

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2、将新冠样本组装好的基因组fasta文件

使用“文本编辑器”软件，打开基因组fasta文件
双击如下文本编辑器，打开新冠基因组文件；上图中红色标号4的序列，可以作为搜索序列，用在下一步确定待修改样本组装基因组序列要修改碱基的具体位置。

image.png image.png