前文以古文、天文现象以及道家遁甲的角度，粗略地分析了此经每句的含义。现在，笔者将从全文的角度来探讨文章的整体结构和含义。
虽笔者未完整综合其意，但显而易见的是，作者想表达的含义，一直在不同章节和段落中重复。更准确的来说，作者一直围绕着某个中心观点，从不同的侧面来说明其理。所以笔者认为，本文其理同样是在围绕着“道”的最原始的含义来阐述，与《道德经》有异曲同工之妙。正如真人张伯端⁴⁴在其《悟真篇》所说:“阴符宝字逾三百，道德灵文止五千，古今上仙无限数，尽从此处达真诠。”除此之外，笔者认为此文结构如此安排至少还有两重含义。
第一重
回到开头所提到的问题，为什么后辈道家高人阅后，特别是李筌要分为三段并各添“上有神仙抱一之道，中有富国安民之法，下有强兵战胜之术”。本着探究的宗旨，姑且先信其有，深入分析下这三个标题：“神仙抱一”、“富国安民”、“强兵战胜”。在笔者看来，三章的划分很可能分别关联如何成圣、国事民生和用兵之道。若此经真为黄帝所传遁甲术之心法，此三个不同侧面表述，也非常可能分别代表着太乙、六壬、奇门这三式⁴⁵。就“遁甲”二字而言，现在流行的传统说法都是以“遁甲”二字代表奇门遁甲。而笔者认为“遁甲”二字实乃三式共同之理，后世所传三式是在三个不同层面、不同用途的应用而逐渐分化出来的“术”。甚至包括八字、六爻等传统术数，皆为同源同宗，其本质都是以“遁甲”，以“道”之理而创造、扩展和使用。 “遁甲”作为时空原理的一种表述，就是解释“道”的一个关键点，或者直接可以说“遁甲”二字即是“道”。
第一段“神仙抱一”意即太乙（一）之法。太乙为三式最高层次，其原理当然可以用于修炼“抱一”，故第一段最后也言明“知之修炼，谓之圣人”。但世人解时，均着重于“修炼”二字，故而大多将其意引向于道家传统的内外丹之修炼，并自我局限于此。其更重要的含义，笔者认为在于后一句“谓之圣人”。何为圣人？让我们从两个方面来看：第一，从古至今，能称圣人者，少之又少，其解释也名目繁多。老子曰：“是以圣人抱一为天下式”，故圣人应乃善于“抱一”。对于“抱一”，很多道家丹经都将其作为内丹修炼之说。笔者认为此说似对非对，为求升仙而修内丹，似有着相之嫌，恐落入修身之道。“道”者，应为明其理而自神，非为求而得之，才是上乘。故此“一”非经书所言之丹，应实乃“道”，亦可以“太乙（太一）”代名之。此外，第一段也提到“奸生于国，时动必溃”，词句中也提及时局变化之内容，故也与太乙术常用于审视国家时势而相合。
第二段“富国安民”。有传，外用太乙，内采六壬。六壬乃主人事内务，也合“富国安民”之意。第二段最后一句以君子小人相对，暗喻此段主言人事之间的关系处理之法。
第三段“强兵战胜”对应奇门应该是最易理解的。遁甲之演化，后世所说的奇门遁甲即是常用于兵谋之事，后世传说中最为有名的当为诸葛亮使用“八卦阵”的故事。
三段总体上分述三式，但三式相合，互为补充。术数学中有言“奇门前，六壬后，太乙跟左右”。三者是密不可分，同理同源的。所以说虽然段落上强行分为三段，但三式之不同面皆体现于每一段中。
第二重
关于这一重含义，虽略有钻凿附会之嫌，但聊以一述，供有识之士自行思辨，并可结合后文的相关资料进行探究。笔者认为，《阴符经》本身可能就是一篇可以用来修炼自身的经文，颇有“符箓⁴⁶”之妙。首先，关于《阴符经》的传说，有一个显著的特点，即书写之后藏于名山之中。传说中的讲法是，李筌于嵩山虎口岩得《阴符经》，匣上题：“太平真君二年七月七日上清道士寇谦之藏诸名山，用传同好”。同时也有李筌传言：“日诵七遍益心机加年寿，每年七月七日写一本藏于名山石岩中，得加算久之。”诵写经而得加持，此乃佛道以及大多宗教中都存在的一种修行方式。故传说诵读此经即可延年益寿，在宗教学说里是被认可的。《阴符经》其结构精妙，内涵深刻，作为可以诵读的经书自是比较好理解。
而特殊的是，道家还有一种不仅可诵读，同时还可以焚烧、佩戴的书文，这就是“符箓”。而此经因其结构精妙，更恰似道家之符。按照符的五个主要部来分；“阴符经”三字，好似符冠之“三清⁴⁷”，谓之点符头；主事符神，即文中反复所提天地人三才，也可以说就是天，第一句即说明了天之道；符腹则为三段主要内容，言明三式所用之事；符窍即符胆，符之精华即为“道”，其方方面面皆隐于全文；符脚即末尾点睛之句（或字词）。
而第三重，综合而言，笔者认为此经甚有可能为遁甲之心法。在此也不再重新全文解读了，因为此经由历代发展，所含文字未必是最原始的了，可能已经修改、删除或者增添了一部分。所以即使是全篇概述，也未见得所言全面。有佛门谒语云：“达摩⁴⁸西来一字无，全凭心意下功夫。若还书中寻佛法，笔尖蘸干洞庭湖”。所以在笔者看来，通过每一句追寻其关键，贯穿去理解即可，全文再整体叙述已无必要。当然，有兴趣的，特别是道学爱好之人当可更为深入探究。
⁴⁴张伯端：道教南宗初祖，字平叔，号紫阳、紫阳山人，后改名用成（或用诚）。人称“悟真先生”，传为“紫玄真人”，又尊为“紫阳真人”。著有《悟真篇》、《青华秘文》、《金丹四百字》等。
⁴⁵三式：古代三大术数，全称为“太乙神数”、“大六壬”、“奇门遁甲”。
⁴⁶符箓：教中的一种法术，亦称“符字”、“墨箓”、“丹书”。符箓是符和箓的合称。
⁴⁷三清：总称为“虚无自然大罗三清三境三宝天尊”，指道教所尊的玉清、上清、太清三清胜境。也指居于三清仙境的三位尊神，即玉清元始天尊、上清灵宝天尊 、太清道德天尊。
⁴⁸达摩：达摩祖师，原印度人，原名菩提多罗，后改名菩提达摩，自称佛传禅宗第二十八祖，为中国禅宗的始祖，故中国的禅宗又称达摩宗，主要宣扬二入四行禅法。
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