生信入门学习Day3

linux环境下安装软件

大纲

• 什么是conda
• miniconda
• 安装配置
• 搜索，安装，卸载软件
• 同一个分析使用不同的软件版本

conda

相当于电脑的360软件管家，相当于手机的app store. miniconda可以满足生信日常需求。anaconda包含额外150个high quality packages

Notes: Linux系统与常用的windows, mc区别是非图形可视化，没有图案，没有窗口，没有双击，实现操作，比如建文件夹，比如建文档，比如给文档编辑文本。。。都是通过代码来实现

下载miniconda

• keyword: miniconda 清华
• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
• 查看服务器多少位 uname -a
• 右键复制链接
• 自动补全 类似gmail邮箱 输入部分可以按tab补全
• wget 链接
  Note: windows, 左键点一下 复制，右键点一下 粘贴
• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• sh是脚本文件后缀，类似.txt .xls .word
• 脚本？是一个程序，后台的代码

安装miniconda

• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• press ENTER to continue
• Do you accept the license terms? yes
• 安装指示：Thank you for installing Miniconda3!

激活miniconda

• source ~/.bashrc
• 输入conda，出现满屏信息说明成功

Notes: 如果安装中途打错内容，不可以删除命令，因为不是代码，常规写代码时候可以删除，可以使用ctrl + c取消安装
镜像网站？主网站的副本，内容相同，可以加快下载速度

使用conda

• conda list 查看当前服务器上安装的所有列表
• conda search fastqc 搜索软件
• conda install fastqc -y 安装fastqc软件， -y的意思是安装过程中问的问题都回答yes
• conda install fastqc=0.11.7 -y 安装指定软件版本
• conda remove fastqc -y 卸载软件

conda环境

• 每个项目种分析不同数据/同一个项目中需要用到一个软件的多个版本，如何实现？定制不同分身
• 分身？ 不同的conda environment
• conda info --envs 查看当前conday有哪些环境
• 带*是默认环境
• 重点！！！ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• conda activate rna-seq 激活指定conda 环境
• conda deactivate 退出当前环境

学习成果

• search fastqc失败，后面的还没有实战操作
• 写代码比较有趣
• 需要反复练习，有的代码/命令昨天做过的也忘记了，需要多温习，多操作

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