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安装scAI心得

安装scAI心得

作者: laa_50f8 | 来源:发表于2020-07-14 17:28 被阅读0次

scAI是一个分析单细胞多组学的软件,20年刚发的,就想下载下来熟悉一下,结果下了两天,心态给整崩溃了TAT

  • 第一天
    • 下载GitHub的R包的各种方法
  1. devtools下载
    这是最简单的方法,但是很看脸,我昨天下载的时候一直报错呢,结果一刷微博#GitHub崩了#都上热搜了,看来是GitHub的问题,不是我的问题。今天一试,果然就好啦!
    devtools::install_github("sqjin/scAI")
  2. 本地下载
    这个最麻烦,因为可能需要自己去下依赖包,然后就又是一堆操作。
  • 在GitHub网站上把想安装的R包下载下来,应该是XX-master.zip
  • 安装这个包,记得指定路径
    devtools::install_local("D:/scAI-master.zip")
    安装过程中可能会提醒你有的包无法安装(多半是因为也是GitHub的包而不是CRAN的),那么一样的操作去下载它们就好啦~
  1. githubinstall下载
    这个也很简单哦
    githubinstall("scAI")
    它的好处是记不清具体名字或者作者的话可以模糊搜索,然后让你选择下载哪个。
  2. 将R包的函数都跑一遍
    R包其实就是一堆函数组成的,实在下载不下来,可以把他们的代码下载下来,在R里面打开,全部运行一遍,将函数储存在了环境里,就可以用他们啦!
    缺点是,也是一堆依赖包需要自己手动下载哦!

综合来看:
方法1和3最优,其次是方法2,实在没办法了方法4凑合上阵吧

  • 第二天
    好不容易下载了包,这个包调用了UMAP去降维单细胞RNA-SEQ数据,而UMAP的umap-learn是以python为载体的,就需要在R里面调用python,可以看我的另一篇解决方法啦,也很傻傻的问题哈哈哈_

最后希望大家下载GitHub包一切顺利,不要像我一样各种问题啦~

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