Autodock、Autodock Vina与Dock6
A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢，有些时候结果出来了不会分析不会看。
殷赋科技:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析，解读无非就是看图说话，再结合一些实验数据、相关文献进行拓展。
A:dock6也是开源的吗，感觉autodock各种教程网上更多呢。
殷赋科技:开源啊，如果按照dock6官方教程去操作，非常麻烦，AutoDock相对好些，dock6安装起来就比较麻烦，还必须在linux下;vina不用安装，下载即用。
B:请问大神，autodock4可不可以做共价对接。
殷赋科技:http://autodock.scripps.edu/resources/covalentdocking。
C:windows系统能用autodock和vina吗?
殷赋科技:可以啊。
D:这个是网页版的吗?
B:需要下载Cygwin，模拟Linux系统。
殷赋科技:vina在Windows中用DOS命令即可，autodock4不建议用，也不清楚。
E:vina和autodock加入到环境变量里面应该都可以运行。
F:请问一下大家，有谁用autodock做过柔性对接吗?请问如何选择合适的flexible residue?
殷赋科技:一般不建议用flexible -receptor docking，经验表明它并不比rigid-receptor docking更好，可能反而更差。一定要用的话，先用rigid计算一遍，看看哪些残基与ligand有直接或间接相互作用又柔性较强的(比如，Lys这样的长支链氨基酸)，定义为flexible residues后再对接。不宜定义太多。
墨灵格:今天将UCSF DOCK的作者John Irwin在2005年回答分子对接与打分函数的邮件翻了出来，分享一下他对(1)什么是成功的分子对接;(2)关于打分值与实验值的相关性理解。http://blog.molcalx.com.cn/2019/05/01/predict-binding-affinity.html#ucsfdock。
原文：http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2005-February/000035.html。15年前的标准，不知是否有变。
殷赋科技:从我的经验来看，dock6的筛选能力应该有所提高，标准可以提升一些。I的做法是：先用vina过滤大型数据库(～150万)，挑选top 1000个化合物，再用dock6筛选，得100-200个，然后聚类分析和人工挑选，最后购买～25个化合物去做生物活性测试，能发现几个活性化合物。我认为，dock6功不可没。
墨灵格:方法肯定没有问题。
殷赋科技:在预测结合模式方面，我粗略比较过vina, dock6和根据以前在实验室时使用moe的经验，认为dock6更好。薛定谔没有用过。有时间不妨做个测试集和脚本，让大家一起做一遍，亲身体会下各软件的能力。
结合力的预测和与实验数据的相关性方面，我一直都认为绝对值没有实际意义。但用于少量同骨架化合物的比较，相对值还是能跟其活性数据对应上的。做过的一个项目，就表现出～0.9的相关性。
蛋白与多肽对接
G:请问autodock可以用来做蛋白质和多肽的对接吗？
殷赋科技:可以，但要看你的多肽有多长，太长就不适合。多肽要在6个氨基酸以下，最好是4个氨基酸以下。超过6个氨基酸，要用专门的软件或web服务。
G:对于比较长的多肽或者两个蛋白质对接，用什么软件或者web比较好？
殷赋科技:蛋白对接有ZDOCK、Rosetta、I-TASSER。
如何发表好的SCI文章
G:现在想发表比较好点的SCI，做完对接后一般都需要补充实验数据吧。
殷赋科技:要用对接结果来指导实验吗?要做实验验证吗？
G:是的。
殷赋科技:一般的套路是实验(观察)+计算(解释)，更好是计算(预测)+实验(验证)。
G:只做预测但是不验证估计发不了文章吧。
殷赋科技:可以发的，IF比较低罢了。既然你都说想发好点的，那就加上实验吧，因为计算方面你不会做得很深。
氨基酸突变
G:嗯，是的。后面估计要通过突变来验证观察到的作用位点。
H:也可以跑模拟。
殷赋科技:那就做完对接跑动力学，甚至在动力学中也做个突变的模拟。用优化好的蛋白，手动修改需要突变的氨基酸，再跑一次动力学。
H:pymol可以做残基突变。
I:那知道残基了，那要突变成哪个氨基酸，一般是怎么选择?pymol怎么做?有插件?还是?
殷赋科技:这个……你做实验想突变成什么就改成什么咯，一般是丙氨酸，也就是删掉支链。但并非删掉支链就可以，还要修改氨基酸残基的名称，实际操作中是选中要突变的氨基酸残基，然后利用软件的突变功能，点击一下，完成突变。
殷赋科技:不建议用pymol做分子操作，可以用DS Visualizer。
J:pymol里点一下就突变为你想要的任何氨基酸。
K:但是这个突变后的氨基酸的伸展方向可以改变吗?
Sheldon Celan Livermuch:突变为丙氨酸就没有伸展方向了。
K:明白了。做别的氨基酸的话。就不行了吧？
殷赋科技:也可以啊，那要看情况了。可以约束蛋白其他氨基酸，做个快速的能量优化。
K:pymol可以做到吗?我只做过简单的突变。
殷赋科技:突变可以，优化不行(吧?)
从激酶DFG-IN构象去模拟它的DMG-OUT构象
L:请问一个问题: 大家有什么好的方法，从激酶DFG-IN构象去模拟它的DMG-OUT构象。有没有看到这样的tools或者web server？
殷赋科技:动力学模拟咯，用amber或gromacs，至于如何才能模拟出来，这就要你对体系有足够了解，知道它的机制了。
L:这个我也想过，那个变化还是很大的。
殷赋科技:必要时，用拉伸动力学。
L:MD也需要手动设置好才行吧，不然计算也耗不起。
殷赋科技:要啊，初始状态尽可能接近。最好找同源蛋白，看看有没有OUT构象，拿来参考。
L:关键是loop一般都是部分解析，MD得给它补个完全的出来。
殷赋科技:不长还好，长loop模拟起来容易失真。
L:其实这个loop本身就是动来动去。
殷赋科技:看情况吧，说多了也只是纸上谈兵。
L:激酶现在很多TYPE2 的解析结构也难，得靠你自己判断。
L:嗯，是的，我看到有些文章报道DFG model一种统计学方法。
殷赋科技:那就好啊，拿来试试。
L:明天再搜搜有没有这类简单一些方法。
J:用马尔可夫态模型基于分子动力学方法是研究构象变化的自由能变化很不错，也就是MSM+MD。
NMR计算
M:殷赋科技-张老师好，最近计算了一个化合物NMR数据，看文献上好多都做了DP4+Probability分析，也在http://www.jmg.ch.cam.ac.uk/tools/nmr/DP4找到了文献里说的小程序，但是那个小程序下载之后不知道怎么打开的，请问张老师这个分析具体是怎么做的呢?
殷赋科技:我没有用过文献的小程序去做DP4，而是采用OLS做直线回归。请参考：http://cheshirenmr.info/Instructions.htm。我们正在开发ECD/NMR计算平台，今年会上线。
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