Linux下载单细胞数据

数据准备

• 首先找到你想要的数据库，我这边选择gse155513，然后点击 SPR274643
  

  image.png

• 在Send to选择File，Format点击RunInfo,然后Create File
  

  image.png

看看长什么样子

image.png

Linux下载原始数据

• 进入Linux系统,选择目录
  cd /mnt/SSS/database
• 创建文件夹

mkdir GSE155513RAW
ls#看看你创建了个什么东西
cd GSE155513RAW#进入下级目录

• 新建一个txt
  vi downloads.txt
  按i进入insert模式
  将downloads_Path文本复制进去（观察文本完整性，自己补全），
  image.png
  esc退出
  按shift+:进去命令模式，输入“wq”保存
• mwget后台多线程下载SRR文件

for i in `cat downloads.txt`;
do 
nohup mwget $i & 
done

• 当然wget更加常用
  nohup wget -i downloads.txt &

今天就先下载着，什么时候下载好了，就fastq转化和cellranger