使用MrBayes构建贝叶斯系统发育树

建树是分子系统发育与进化研究中绕不过去的一道坎，本文就本人实际经验介绍贝叶斯树的实际操作：

基于不同原理的系统发育树构建方法的比较

Bayesian Inference (BI）建树

需要使用的软件包括: PAUP、SequenceMatrix、MrModeltest、Mrbayes软件

数据准备

1.1 数据格式转换

将fasta数据格式转为nex文件格式，可使用MEGA等软件。

Paup中fasta转换nex格式代码：

export file=newfile.nex format=nexus interleaved=no;

1.2 为nex格式文件添加MrModelblock命令文本

2. 使用Paup计算Score值

直接使用windows-PAUP打开上一步粘贴有MrModelblock的nex文件。

3. 使用mrmodeltest计算推荐模型 （MrMTgui软件已失效）

本文使用的是linux版本的mrmodeltest，命令行如下；

4. 准备mrbayes输入文件

4.1 打开界面版windows-PAUP，运行，open， execute ----选择.nex格式文件，

转换至标准NEXUS。

Paup中fasta转换nex格式代码：

export file=newfile.nex format=nexus interleaved=no;

4.2 将3步骤得到的best-fit model粘贴到到Mrbayes block参考脚本中，复制粘贴到转换好的nexus标准文件末尾中。 请根据自己的实际情况更改Mrbayes block。

5. 运行mrBayes软件

双击软件中mrbayes.3.2.7-win64.exe，输入带有Mrbayes block的nex文件。命令如下：

From Rindy

6. 运算结束后，可进行后续可视化操作（figtree）

mrbayes运行结束后输出结果