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ID转换专题之直接下载1:Gencode官网

ID转换专题之直接下载1:Gencode官网

作者: Amy_Cui | 来源:发表于2019-07-08 14:11 被阅读0次

    各种转换ID之间的关系,好处是这个网站更新的快。不方便之处是下载的ID都是ENST的ID,非ENSG ID。--2019.07.08

    官网

    通过点击选择下载

    image.png

    直接进入ftp来下载:
    ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/

    # 示例
    $ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.HGNC.gz
    # ENST00000456328.2       DDX11L1
    
    $ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.RefSeq.gz
    # ENST00000335137.4       NM_001005484.1  NP_001005484.1
    
    $ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz
    # ENST00000456328.2       100287102
    $ zcat gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz|wc -l
    187070
    $ zcat gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz|cut -f 2|sort|uniq|wc -l
    26673
    # 一共有26673个Entrez ID
    
    
    
    

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