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ID转换专题之直接下载1:Gencode官网

ID转换专题之直接下载1:Gencode官网

作者: Amy_Cui | 来源:发表于2019-07-08 14:11 被阅读0次

各种转换ID之间的关系,好处是这个网站更新的快。不方便之处是下载的ID都是ENST的ID,非ENSG ID。--2019.07.08

官网

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image.png

直接进入ftp来下载:
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/

# 示例
$ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.HGNC.gz
# ENST00000456328.2       DDX11L1

$ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.RefSeq.gz
# ENST00000335137.4       NM_001005484.1  NP_001005484.1

$ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz
# ENST00000456328.2       100287102
$ zcat gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz|wc -l
187070
$ zcat gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz|cut -f 2|sort|uniq|wc -l
26673
# 一共有26673个Entrez ID



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