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作业要求
本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 很容易在文章里面找到数据地址GSE81916 这样就可以下载sra文件作业，看文章里的methods部分，把它用到的软件和参数摘抄下来，然后理解GEO/SRA数据库的数据存放形式，把规律和笔记发在论坛上面！
来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1750#lastpost
实验过程
1.文献下载
一般我都会去Google镜像搜索：https://xueshu.glgoo.net/.此外还会在SCI-HUB下载，不过前段时间被起诉了，还罚款，不知道这个牛逼的网站能够撑到什么时候。在实验方法的部分GSE81916存放了测序数据。
2.数据下载
进入NCBI的GEO数据库https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，搜索GSE81916。
看到页面中的overall design：
所以我们只需要下载样本9-15数据。
数据储存的链接：
通过ftp的方式下载数据，其中还介绍了测序平台。
点击进入ftp,看到储存的所有测序文件：
下面进入自己的记录
发现网上部分代码是错的，而且用的是wget方法。我想用prefetch。
代码如下：
$ souce activate env1
$ for((i=56; i<=62; i++)); do prefetch SRR35899$i; done
prefecth
这一部分很花时间，
我们要把下好的数据进行压缩，这样可以减少占用的空间。
命令如下：
ls *sra |while read id; do fastq-dump --gzip --split-3 $id;done
但是我是断断续续进行的，根据我之前完成的结果我对参数进行了修改：
ls *95*sra | while read id; do fastq-dump --gzip --split-3 $id;done
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