输出Matrix Market Format的文件

Matrix Market Format
Matrix Market格式是一种标准的文本文件格式，用于存储和描述稀疏和稠密矩阵。在稀疏矩阵的情况下，每个非零元素由其行索引、列索引和值描述。

打开压缩文件进行写入：

out_mtx = gzip.open(os.path.join(out_dir, "digital_expression_matrix.mtx.gz"), "wb")

使用 gzip 打开一个文件用于写入，文件名为 digital_expression_matrix.mtx.gz。.gz 扩展名表示这是一个gzip压缩的文件。

写入Matrix Market文件头：

out_mtx.write(b'%%MatrixMarket matrix coordinate integer general\n%\n')

这行代码写入Matrix Market格式的标准文件头。它指示该文件是一个坐标格式的整数矩阵。

写入矩阵维度信息：

out_mtx.write(bytes("{}\t{}\t{}\n".format(len(gene_list), len(bc_list), total_cnt), "UTF-8"))

这行代码写入矩阵的维度信息，包括行数（基因数量）、列数（条形码数量）和非零元素的数量（total_cnt）。

写入矩阵数据：

for ge in gene_list:
    for bc in gene_count_dict[ge]:
        out_mtx.write(bytes("{}\t{}\t{}\n".format(probe_dict[ge], bc_dict[bc], gene_count_dict[ge][bc]), "UTF-8"))

这个循环遍历每个基因和相应的每个条形码，并将每个基因和条形码的UMI计数写入文件。每行包含三个元素：基因的索引、条形码的索引和UMI计数。

关闭文件：

out_mtx.close()

写入完成后，关闭文件。