2019.7.23 配置Linux环境

操作步骤：

在本地windows系统应用商店安装 WSL ubuntu推荐18.04

https://www.microsoft.com/zh-cn/p/ubuntu-1804-lts/9n9tngvndl3q?activetab=pivot:overviewtab

fluentTerminal替代命令行（推荐 FluentTerminal.App_0.4.1.0_Test_No_Dependencies.zip）

修改开发者选项

配置国内镜像源：清华镜像源

cd /etc/apt

sudo mv sources.list sources.list.bak

sudo vim sources.list

i进入vim配置

复制粘贴

esc，然后:wq保存

更新下载地址

sudo apt-get update

zsh  sudo apt-get update

配置 oh my zsh

sh -c "$(curl -fsSL https://raw.github.com/robbyrussell/oh-my-zsh/master/tools/install.sh)"

vim编辑器的基本操作：

1.j向下，k向上，h向左一个字符，l向右一个字符，w下一个单词

source ~/.zshrc

下载conda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh

bash  运行命令

rm 删除

ls 显示列表

conda

Conda Forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

bioconda

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda search+关键词

conda install+软件名

conda create -n rna-seq sra-tools fastqc cutadapt trimmomatic star hisat2 samtools subread htseq