基于蛋白复合物的PDB设计干扰多肽之二（Rosetta Inte

    在论文Assessment of helical interfaces in protein–protein interactions中提到，蛋白复合物的结合区域，有较大比例存在alpha helix结构，为此该文作者利用Rosetta，将PDB数据库中蛋白复合物结合区域的alpha helix结构进行了鉴定，方法介绍如下所示：

1）PDB数据库中蛋白复合物的下载；

2）作者写的perl脚本将蛋白符合的pdb文件进行了拆分，形成1对1的chain组合，且每条chain属于不同蛋白，这个操作步骤主要是蛋白经常由多条链组成；

3）利用Rosetta确定两个蛋白的interface residues（个人尝试用InterfaceAnalyzer.mpi.linuxclangrelease进行了测试），随后比较interface residuces和secondary structure的residuces（在PDB文件中有个HELIX、SHEET、TURN等二级结构的描述），以判断residues位于helix区域（文中提到它用了两个判断策略），根据个人查到的信息，Rosetta提供了SecondaryStructureSelector去选择位于helix、sheet 等不同二级结构的氨基酸（中文介绍可参考ResidueSelectors的类型与用法 - 知乎 (zhihu.com)）（英文介绍材料参考https://www.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/ResidueSelectors/ResidueSelectors#residueselectors_conformation-dependent-residue-selectors_secondarystructureselector）。

Figure 1. Methos of HIPP identification

       实际研究中，可直接根据文章提供的附件结果去选择对应的区域进行多肽的设计和改造。这是该作者2009年发表的文章，其在2010年和2011年分别以这此方法和结果为基础，做了相应的结果更新和更多应用探讨（Systematic Analysis of Helical Protein Interfaces Reveals Targets for Synthetic Inhibitor、Assessing Helical Protein Interfaces for Inhibitor Design）。