一、理论
对全面的科技资金审计，应结合近几年科技发展规划确定的重点来进行，同时通过分析各单项科技资金总量和占比、单项资金的投入使用年限以及资金的重要性程度来确定审计重点。在确定审计重点后，对于未纳入重点的单项资金做好总量分析和趋势分析。同时在项目计划中备案，在后续年度的审计项目中，按计划分年度作为审计重点，力争在5-10年相对较长的审计期限内实现全覆盖。
对于单项的科技资金审计，由于专项资金政策性较强，审计应从宏观和微观两个层面进行分析。在宏观层面，分析和评价应从我国经济社会发展的大局和面临的突出矛盾出发，关注政策性、安全性和可持续性。在微观层面，分析和评价应当坚持以经济性、效果性、效率性为基础，密切关注重大违法违规问题和经济犯罪案件。
在确定好审计重点后，有必要建立一个具有针对性的绩效评价指标体系。适当的绩效评价指标应该具备客观性、相关性、代表性、可比性和可获得性等特点，可通过查阅与科技资金相关的政策文件、统计数据、专家意见、调查问卷或者绩效自评材料等确定。
绩效审计方法（根据审计切入点和重点的不同划分）
一是以结果为导向的方法，也被称为达标性效益审计。这是绩效审计中最常见的形式。即将科技资金管理使用的结果作为审计的核心，将结果与政策明确要求达到目标、成效等对比分析、评价。如果结果不令人满意，再针对科技资金分配管理使用的过程或者控制系实施一定程度的检查，以确定产生问题的原因。这主要适用于相关管理办法已对资金使用绩效有明确指标要求，或者曾经暴露出管理使用方面的违法违规问题的科技资金。
绩效审计中经济性、效率性和效果性在具体事项中是很难区分的，而且这些指标往往已经被包括在项目目标中，对这些内容的审计主要是对照项目立项文件或者合同，审查和评价有关目标是否达到。目标评价的技术方法也较简单，主要还是使用审计的基本技术方法，而且项目文件、合同文件一般都会对目标计量和测评方法等有具体的规定。
二是以控制系统为导向的方法，即对科技资金主管部门的内部控制进行分析、检查和测试，根据对实现资金使用绩效产生影响的重要程度来选择一些控制环节进行审计。如果存在明显缺陷，应采取进一步的措施确定缺陷导致的问题和对绩效的影响，主要适用于分配管理使用环节较多、流程较长、主管部门内部控制不太健全的科技资金。
三是以“成本—— —效益”分析为导向的方法，即对科技资金投入的成本和效益进行分析和比较，既分析其正面效应，又分析其负面效应;站在公众的立场上来判断科技资金使用绩效，主要适合于科技资金投入较大、带来的成效和影响不易估量的科技资金。审计人员通过审阅文件资料、实地查验、询问调查等方式找出管理和执行中存在的各种风险点作为审计重点。
政府绩效审计评价标准体系应包括丰富的评价标准可供选择，在实际工作中，要围绕选用的有关指标，搜集数据和资料，运用对比分析法、因素分析法、趋势分析法和比率分析法等经济分析方法揭示问题，为审计评价提供可靠的依据。具体审计中，可根据实际情况选择上述审计方法中的一种或者几种，配合常规的查阅资料、调查问卷、访谈等方法进行。
二、举例---“农业高科技示范园”绩效审计项目
1、首先对被审计单位的基本情况和立项文件进行了初步调查，再对项目的监督管理系统进行审查，确定审计评价标准和初步审计目标。
当前，我们搞绩效审计，在审计标准确定方面，面临着两大难点：一是投资规划项目的立项文件中各项规划投资目标的鉴定；二是没有公认的评价标准体系，审计标准难以确定。我们在对“农业高科技示范园”绩效审计的过程中，对投资规划项目立项文件中的各项投资目标鉴定上，客观得分析了立项文件目标的各项指标、项目实施过程和结果，采取询访、咨询和做大量社会调查的方法，得出比较客观和社会公认的项目目标评价标准。在确定社会效益评价标准时，对市蔬菜办公室等6部门、蔬菜批发市场、镇政府分管农业的领导、14个蔬菜种植专业户、2个蔬菜出口加工企业及多名蔬菜专业技术人员，从不同角度进行了40多人次深入细致的询访、调查工作，得出了比较客观的审计标准和初步结论，确定了“项目实施及管理情况，产生的社会效益与经济效益情况， 以评价社会效益为主”的初步审计目标。
2、详细检查。审计人员按照审计目标收集足够的相关、重要、充分的证据，以审查项目执行者是否按照项目规划的目标来实施项目的， 以及是否达到了预期结果，如果没有完成，要分析没有完成的原因，并要认真总结项目实施结果好的经验和做法。然后，审计人员总结和分析全部证据，并得出审计目标的相应结论。
我们在实施“农业高科技示范园”绩效审计项目时，根据审计目标，编制了详细审查提纲。我们分析了可能影响项目实施结果的原因，确定将下列人员和单位作为我们的询访、调查、咨询范围：(1)政府官员，了解决策意图；(2)．项目执行单位有关管理人员，了解是否按立项规划目标和有关管理要求实施项目；(3)有关技术人员， 了解项目是否起到示范作用，保持了技术领先的地位；(4)承包者，了解是否按照项目管理者的要求，进行新技术实验和种植；(5)农户，了解对示范园的“示范”作用的认识，对发展高效农业和推广农业新技术前景评估，种植大棚蔬菜与传统农业的比较效益；(6)蔬菜加工企业，了解所需蔬菜品种、进货价格、数量及渠道，本地蔬菜的供应量及占所需数量的比重，消化本地蔬菜的能力等； (7)蔬菜市场及市场管理人员，考察市场供应量及需要量，进货渠道，了解市场对反季蔬菜和新品种的需求情况，市场管理对蔬菜上市的要求等。
上述所举七方面的原因，是我们详细审查工作的基础，按此思路，我们对项目实施及管理情况、社会效益和经济效益情况制定了详细审计提纲，并建立各分项审计目标。如：在项目实施及管理方面，确定对项目立项情况、是否按规划目标及有关管理要求实施、实施过程中是否存在损失浪费现象、是否积极推广新技术和新品种、 自身经济效益是否达到规划目标、项目资金的到位和使用情况等几个问题，进行详细审查；在社会效益方面，确定对高效农业种植技术的推广及应用情况、农户的认识及与传统农业的效益比较、引进和推广新品种情况、探索试验新技术情况、市场本地蔬菜供应情况、蔬菜加工企业对本地蔬菜的需求情况等问题，进行详细审查；在项目自身经济效益方面，确定对项目总体投资收益、项目设施建设成本、示范园种植收益、设施及设备利用率、土地利用率等问题，进行详细审查。
3、编写和提出审计报告。在详细审查的基础上，审计组要根据足够的证据提出审计结论，进行综合分析，归纳提出加强和改进管理的建议，编写一份绩效审计报告。向投资管理者或委托者以及被审计单位提交绩效审计报告， 以便对审计结果和建议的认可和采纳。
绩效审计所关注的是经济性、效率性和效益性，所以它不仅仅局限于检查会计资料和有关文件。如前所述，在进行绩效审计时，审计人员要接触与审计事项有关的人员，考察现场，还要对有关事实进行询访、调查及咨询。
绩效审计强调分析的客观性。它不搞先入为主的结论，也不批评任何人和单位。进行绩效审计时，应该尽量地检查那些取得成功的地方及未能达到预期绩效的地方。要做好经验总结和缺陷分析的工作。
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