A.J.费克里，在攻读美国文学的博士学位，他的论文写的是埃德加·爱伦·坡的作品中对疾病的描写，一个他从未特别喜欢并逐渐真心反感的课题。妮可·埃文斯，想当诗人，同时还在不甚开心地攻读博士学位，研究方向是二十世纪女诗人（阿德里安娜·里奇、玛丽安·摩尔、伊丽莎白·毕肖普；她真是讨厌西尔维娅·普拉斯）。他们赶在升入研究生院前的夏天结了婚。 “一个地方如果没有一家书店，就算不上个地方了”，妮可说。他们就这样放弃了研究生学习，搬到了妮可老家艾丽丝岛，开了一家书店，小岛书店。
艾丽丝岛，与世隔绝着。一幢维多利亚风格的紫色小屋，前廊上挂着褪色的招牌，上面写道：
无人是孤岛，一书一世界
故事的开端，A.J.费克里，39岁，爱妻车祸去世了，喜欢至少每星期一次把自己灌醉，偶尔抽烟，吃的全都是冷冻食品，曾是个长跑运动员，但现在根本不锻炼。A.J.对书的品味很特殊，没有了妮可，靠他难以卖出去书，书店危机，唯一值钱的宝贝《帖木儿》也遭窃了。《帖木儿》失窃后，A.J.又开始跑步了，把钥匙放在哪里成为了最大的难题之一，A.J.便决定不锁前门了，照他估计，店里没有一样东西值得偷。不锁门，A.J.只想到可能会有人偷东西，却没想到可能会有人留下什么东西，而玛雅就是别人留下的第一份“礼物”。这个可爱的小家伙出现以后，A.J.的生活随之改变。他开始在谷歌上搜索“我该喂两岁零一个月大的孩子吃什么”、“两岁孩子洗澡水的适当温度”、“两岁孩子能否使用成人洗发水”、“一位父亲怎样清洗一个两岁女孩的私处而不被认为是变态”、“浴缸里的水放多深”、“如何预防一个两岁的孩子在浴缸中遇溺”、“洗澡安全总则”，等等。A.J.开始偶尔吃新鲜蔬菜。玛雅说“爱你”，叫“爸爸”，A.J.开始变得温暖起来。接着A.J.领养了玛雅，因为玛雅，小岛书店开始热闹起来。A.J.为玛雅举办非受洗礼派对，“一旦一个人在乎一件事，就发现自己不得不开始在乎一切事”，A.J.冰冷的心逐渐被融化了。
楼下是玛雅最爱去的地方，因为楼下是书店，而书店是世界上最好的地方。书店有十五个玛雅宽，二十个玛雅长。玛雅喜欢去三明治店，但她总是抓着A.J.的手，她可不想被留在三明治店。玛雅知道她的妈妈把她留在小岛书店，但是也许每个小孩在某个岁数都会遇到这种事。有些孩子被留在鞋店，有些被留在玩具店，还有些被留在三明治店。你的整个人生都取决于你被留在什么店里。
阿米莉娅·洛曼，奈特利出版社的销售代表。初次见面，阿米莉娅带来了冬季书目，A.J.言行差劲，并把利昂·弗里德曼的《迟暮开花》判了死刑。首次见面就留下了尴尬。玛雅生病了，脸上长满了水痘，A.J.整夜没睡陪在玛雅身边，《迟暮开花》当时离他手边最近，便读了这本书，并决定给《迟暮开花》一个机会，主动打电话给阿米莉娅。A.J.和阿米莉娅开始有了第一次午饭，开始了关于书的交流。他们趣味相投，双方小心地回复着对方，不敢带有一丝调情的意味，但是，他们确实互相喜欢，尽管初次邂逅糟糕透顶。奈特利出版社冬季书目上的书他全读完了，在夏季书目出来之前，他没有理由联系她了。离夏季书目出来还有四个半月，他开始看她最喜欢的电视节目《真爱如血》。晚上玛雅入睡后，他看完了四季《真爱如血》，比预期的要喜欢。他一直计划着下次见到阿米莉娅后，随意引用他所掌握的《真爱如血》的知识，让她叹服。这时，阿米莉娅的脚踝骨折了，不能来到艾丽丝岛为小岛书店送来夏季书目了，阿米莉娅教A.J.通过Skype过了一遍书单，但A.J.并没有认真听阿米莉娅梳理书单，他在关注她身后的那些具备阿米莉娅特性的东西。A.J.找借口带玛雅去位于朴茨茅斯的动物造型园艺公园，“顺便”去看望住在普罗维登斯的“生病的朋友”。其实，玛雅并不是那么感兴趣，朴茨茅斯和普罗维登斯也并不是那么近，而且格林动物造型园艺公园从十一月到五月不开放。A.J.和阿米莉娅恋爱了，结婚了。婚礼上，读着“因为从心底害怕自己不值得被爱，我们独来独往，然而就是因为独来独往，才让我们以为自己不值得被爱。有一天，你不知道是什么时候，你会遇到他（她）。你会被爱，因为你今生第一次真正不再孤单。你会选择不再孤单下去。”
伊斯梅是A.J.的前妻姐，姐夫丹尼尔·帕里什是一个playboy，他们的婚姻不幸福。当伊斯梅想到自杀时，兰比亚斯警长出现了，有了一次短暂的对话。婚礼结束后，回家的路途中，伊斯梅受不了了，向丹尼尔摊牌，她知道玛丽安·华莱士是他的女朋友，而玛雅是他的女儿。路上发生车祸了，伴随着
灯光，亮得能扩大她的瞳孔。
喇叭，不够响亮且太迟。
金属像纸巾一样皱起。
身上不疼，知识因为身体没了，已在异处。
丹尼尔死了。
兰比亚斯警长开始追求伊斯梅，在并不看好的第一次约会后，伊斯梅带他回了家，他们在一起了。
故事并不是大团圆喜剧收尾。A.J.得病了，多形性胶质母细胞瘤，经过化疗，A.J.还是死亡了。阿米莉娅爱艾丽丝岛，爱小岛书店，但是她对经营书店没有经验，现实也不得不让阿米莉娅带着玛雅离开小岛，她努力想卖掉书店，但没有买主。最后伊斯梅和兰比亚斯买下了书店。阿米莉娅在换工作离开奈特利出版社时，在笔记中写到：“我全心全意地爱着小岛书店。我不相信有上帝，我没有宗教信仰，但这家书店对我来说，是最接近我这辈子所知道的教堂的地方。这是个神圣的地方，有了这样的书店，我有这样的把握说，图书销售业还会继续存在很长一段时间”。
一个人的出现，是为了救赎另一个人。看似，A.J.救了玛雅，实际玛雅救赎了A.J.原本死亡的心灵。A.J.和阿米莉娅互相救赎。经历过不幸福的婚姻后，兰比亚斯的出现救赎了伊斯梅。
A.J.叫玛雅我亲爱的书呆子。
A.J.告诉玛雅：读小说需要在适合它的人生阶段去读。我们在二十岁有共鸣的东西到了四十岁的时候不一定能产生共鸣，反之亦然。书本如此，生活亦如此。
关于政治、上帝和爱，人们都讲些无聊的谎话。想要了解一个人，你只需要问一个问题：“你最喜欢哪本书？”
有一天，你也许会想到婚姻。要是有谁觉得你在一屋子人中是独一无二的，就选那个人吧。
我们读书而后知道自己并不孤单。我们读书，因为我们孤单；我们读书，然后就不孤单，我们并不孤单。
我们不全是长篇小说，也不全是短篇故事
最后的最后，我们成为一部人生作品集
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