十字架在基督教中存在着特殊的含义：爱与救赎。十字架原是罗马帝国处死犯人的刑具，但因为耶稣在十字架上受死之后，十字架被赋予了新的意义，代表着上帝对世人的爱与救赎，是神圣不可侵犯的标志。《虚无的十字架》中的“十字架”取其中救赎、赎罪的意思。
滨冈小夜子篇
一切都要从滨冈小夜子和中原道正的女儿爱美遇害开始说起。
被假释出狱的蛭川和男在闯空门的时候遇上独自在家的爱美，因害怕小女孩说出他的长相，就将小女孩杀害了。作为遇害者遗族，滨冈小夜子希望能将凶手判处死刑。原因不仅是向杀害自己女儿的犯人复仇，也是为了防止这种人再去伤害其他人。
俗话常说，“杀人偿命”，但对遗族来说，凶手的死根本不是“偿还”，只是走出伤痛这条漫漫长路上的某一站而已，而且，即使经过了那一站，也无法看到未来的路，完全不知道自己该克服什么、走向哪里，才能够得到幸福。但如果连这种为数不多的歇脚站也被夺走，遗族到底该怎么办？废除死刑，就是这么一回事。——滨冈小夜子
但在死刑判决下来后，遗族并没有得到解脱。小夜子和中原的婚姻也无法持续下去，因为看见彼此就能想起那些伤心的往事。小夜子开始做自由撰稿人，加入遗族自救会，坚信应该将凶手判处死刑。而中原继承舅舅的职业，在宠物殡葬场工作。突然有一天中原得到了小夜子遇害的消息。
当中原知道小夜子遇害后，决定沿着小夜子的足迹去查访，以便能够了解前妻在离婚后都在做些什么。查访过程中，中原得知小夜子曾经采访过蛭川的辩护律师平井肇，他感到很吃惊。因为从某种意义上来说，平井肇可以算是他们的敌人。
在和平井肇谈话的时候，律师的话让中原的心情更加沉重。
蛭川并没有把死刑视为刑罚，而是认为那是自己的命运。通过审判，他只看到自己命运的发展，所以根本不在意别人。死刑确定后，我仍然继续去和他会面，并和他通信，因为我希望他面对自己犯下的罪，但对他来说，事件已经过去，他只关心自己的命运。——平井肇
如果刑罚无法让一个人悔过，那么即使再重的刑罚又有什么意义呢。用文中的一句话来说
死刑很无力。
仁科史也篇
随着中原继续追寻小夜子的足迹，他了解了越来越多的真相。
仁科史也和井口纱织是青梅竹马。高中的时候他们沉迷性爱、怀孕。由于年少无知，害怕家长的责备、害怕彼此分手，他们亲手闷死了刚出生的自己的孩子。他们将孩子埋葬在青木原的林海中。那里传说每年都有人自杀。
史也和纱织在那一个月之后分手了。史也考入庆明大学医学院，后来成为了一名小儿科医生。纱织认为自己只配吃偷窃到的食物。
史也在去青木原祭奠孩子的时候遇上了他现在的妻子花惠。花惠当时被渣男所骗，怀上渣男的孩子并被骗走一大笔钱。她去青木原时背包里带着一根绳子。史也救下了她，并和花惠结了婚。
调查到真相的小夜子希望史也和纱织能去自首，毕竟孩子也是一条生命。
要求杀人凶手自我惩戒，根本是虚无的十字架。然而，即使是这种虚无的十字架，也必须让凶手在监狱中背负着。如果对你先生犯下的罪睁一只眼闭一只眼，那么所有的杀人案就都可以钻空子，绝对不能够允许这种情况发生。——滨冈小夜子
花惠的父亲町村造作听到了这段话，认为如果史也进监狱的话，他女儿和外孙的幸福就会毁于一旦。于是一事无成的町村决定杀死小夜子，向自己的女婿报恩。
中原得知所有真相后，来到史也家里，花惠也在场。花惠认为小夜子错了。从花惠的角度，她明白了自己的先生一直在赎罪。
如果当时没有遇见我先生，我现在早就不再人世了，我儿子也不会来到这个世界。我先生或许在二十一年前夺走了一条生命，但他拯救了两条生命。而且，他作为医生也在拯救无数生命。
有多少被关进监狱的人根本没有反省，这种人背负的十字架或许很虚无，但我先生背负的十字架绝对不一样。那是很沉重、很沉重，如山一般的十字架。——仁科花惠
小说终了，作者通过花惠的口表达了自己的立场。
中原先生，你的孩子曾经被人杀害，请身为遗族的你回答我，被关进监狱，和我先生这样的生活方式，哪一种才是真正的弥补？——仁科花惠
东野圭吾认为，相比较那些被关进监狱却不知悔改的人来说，真正的赎罪是去拯救别人。虚无的十字架有两种解读的方法，一种是身在十字架上却毫无悔罪之意，所以这种十字架是没有起到作用的，是虚无的；另一种是没有在十字架上，但是内心却背负深深的负罪感，想办法去赎罪，这种内心的十字架才是真正行之有效的。
往深处想想，罪从何来？我想是因为缺少对生命的敬畏。只有尊重生命，才能让人从心里去明白生命的可贵，才能时刻提醒自己不要去犯下罪行。这可能才是东野先生想要表达的思想吧。
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