2019-06-06

实验记录4

1、继续看昨日2

https://mp.weixin.qq.com/s/v2S8obShNRpeTRFQt2PrwQ

fastq文件有六种位置存放方式，但命名方式有要求，最好按官网要求命名，方便分析调用，见图。

fastq文件规范命名格式

本次样本上机测了三次，相当于3条lane，所以有三个子文件，共同存放在01210122shuju文件夹中。改名原则：L1/2/3改为L001/002/003；X47-1/X47-2/X47-3/X47-4改为S1/2/3/4。

PS：I1/2代表sample Index read，后续分析用不到，就没改名。

190228_A00679_0057_BHFML2DSXX   190223_A00262_0238_BHFNVVDSXX 190201_A00682_0056_BHHNNKDSXX

三种fastq文件的区别：详见https://mp.weixin.qq.com/s/fP8f4HboMM7m2Nd7AIljlg

测序时每个run cycle做的事 R1,Index,R2碱基分布

2、接着昨日cellranger cellcount

官网中的例子显示如图：

tip：默认情况下，cellranger将使用系统上所有可用的内核来执行管道阶段。您可以指定与——localcores选项一起使用的不同数量的内核;例如，——localcores=16将限制cellranger一次最多使用16个内核。类似地，——localmem将限制cellranger使用的内存量(以GB为单位)。

https://mp.weixin.qq.com/s/6Jqu-20HasfHen6vRUSSBQ

1）处理LW-0121样本：输入命令（由于我没有指定所用内核数，所以昨晚跑的很快，今天白天就很慢，猜测晚上跑的数据少的原因）

这次未加上nosecondary参数，下次可以试试只获得表达矩阵，再用R包分析一下。

0121

今晚平台崩了，任务中止且登不上了，明日再看看。