docker初探

一 docker介绍

百度百科上的介绍：Docker ，其实用通俗简单的话来讲，就是在你的系统上创建了一个应用程序级别的操作系统，仅使用你系统的硬件资源，不改变系统的环境配置。然后呢，你可以打包你应用程序的操作环境到这个容器中进行发布。并且，docker是开源的（果然，白嫖才是最大的前进动力）。

二 linux系统上的docker配置及镜像安装

首先，在系统上安装docker

其次，下载镜像文件（这里需要注意，直接下载容易被墙，因此需要通过一些镜像网站下载，并且建议选择网速最好的时候下载，且可能多次下载才能完成）

docker pull cgwyx/alphafold

之后，你需要通过docker images命令查看你安装的镜像id

随后，进入docker镜像中

docker run -i -t ee9f0f521043 /bin/bash

如需使用系统的GPU进行运算需要增加参数--rm --gpus all

docker run --rm --gpus all -i -t ee9f0f521043 /bin/bash

再随后，即进入对应的docker镜像中

接着，就可以在docker中体验alphafold的魅力啦（可能也需要安装特定的依赖，因此说到底docker就是提供一种类似虚拟机的东西，并且会在每一次运行结束后恢复到初始状态）

三 惯例小结

docker有优点也有缺点，优点就是可以创造一个完全隔离主机的环境，缺点的话就是每次用一个新docker image，都可能面临着需要重新安装部署环境的劳动。至于docker好与不好，不做判断，重点是在于你如何使用它。特别建议大的程序环境还是使用docker为妙，否则像conda破坏了环境导致结果无法重现，可能更让人难受。

另外，进一步推广一下我开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件，也欢迎大家关注并多提意见，详细的话可以见个人主业介绍。

以下为自研软件地址：

Multi-omics Hammer软件地址：https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual软件地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual