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编写你自己的R包

编写你自己的R包

作者: 生信摆渡 | 来源:发表于2022-01-26 16:01 被阅读0次

    https://r-pkgs.org/index.html

    准备

    安装 RtoolsRStudio

    install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr"))
    

    创建包目录

    打开RStudio

    library("devtools")
    create_package("D:/yyds")
    

    运行之后会自动打开另外一个界面,当前目录即为包目录。

    修改Description

    修改描述包的一些信息。

    创建函数

    可以手动创建函数:

    library("devtools")
    use_r("hd")
    

    自动在R目录创建了名为hd.R的文件,这这里面就可以写函数的所有信息

    前面写函数的注释信息,然后接着写函数的内容

    这里给出一个例子:

    #' Enhanced version of 'head'.
    #' Default only print 5x5 field for two-dimensional data
    #' or first 5 element for one-dimension data.
    #' And print dimension of data in first line.
    #' It also support specified range.
    #' Don't worry about going out of range, it can fix it!
    #' 
    #' 
    #' @title hd
    #' @param obj data object.
    #' @param x Number to print of horizontal direction, defaut 5.
    #' @param y Number to print of vertical direction, defaut 5.
    #' @author Jiahao Wang
    #' @examples
    #' hd(LETTERS, 10)
    #' hd(LETTERS, 24:100)
    #' df = get(data(package = "ggplot2", "diamonds"))
    #' rownames(df) = paste0("row_", 1:nrow(df))
    #' colnames(df) = paste0("col_", 1:ncol(df))
    #' hd(df)
    #' hd(df, 3, 5)
    #' hd(df, 3:5, 7:9)
    #' hd(df, -10:-nrow(df), -3:-5)
    #' hd(df, (nrow(df) - 2):10^6, (ncol(df) - 2):10^6)
    #' @return A part of input data.
    #' @export
    hd <- function(obj, x = 5, y = NULL){
    
        check_len <- function(idx, max){
            if(length(idx) > 1){
                if(max(idx) > max){
                    idx_res = idx[idx <= max]
                }else{
                    idx_res = idx
                }
            }else{
                if(idx > max){
                    idx_res = 1:max
                }else{
                    idx_res = 1:idx
                }
            }
            return(idx_res)
        }
    
        if(is.null(y))
            y = x
    
        dims = is.null(dim(obj))
        if(!dims){
    
            cat("dim:", nrow(obj), "×", ncol(obj), "\n")
    
            idx_x = check_len(x, nrow(obj))
            idx_y = check_len(y, ncol(obj))
            res = data.frame(obj[idx_x, idx_y])
            if(!is.null(rownames(obj)))
                rownames(res) = rownames(obj)[idx_x]
            if(!is.null(colnames(obj)))
                colnames(res) = colnames(obj)[idx_y]
        } else{
            cat("dim:", length(obj), "\n")
            idx_x = check_len(x, length(obj))
            res = obj[idx_x]
            if(!is.null(names(obj)))
                names(res) = names(obj)[idx_x]
        }
        return(res)
    }
    

    我编写了一个方便查看一二维数据的函数,可以这里注释信息包括以下部分:

    • Description

      这部分具体描述函数的功能,没有特定的标签,在最开始书写,可换行

    • title

      一般即为函数名

    • param param_name param_description

      这部分为所有参数的描述,一个参数需要单独一个标签,可换行

    • author

      作者

    • examples

      举栗

    • return

      返回值的描述

    • export

      将此函数导出至环境中,使用户可以使用,不写该标签的话用户不能使用,但是可以在该R脚本内调用(private??)

    还有很多其他标签,可以输入#' @后按tab键查看。

    检查、生成Rmd文档

    check()
    devtools::document()
    

    这一步骤先检查上一步书写语法是否有误以及是否有遗漏等其他错,之后将注释信息和函数转换为Rmd文档。

    检测结果只要没错误就问题不大,不过也需要看一下具体过程。

    导出/安装

    setwd("../")
    system("Rcmd build yyds")
    install_local("yyds_0.0.0.9000.tar.gz")
    

    使用

    library(yyds)
    packageDescription("yyds")
    ?hd
    hd(iris)
    
    image-20220126155031820

    最后

    • 这里只是非常简单的一个示例,实际开发中还可能会涉及包的依赖、环境的依赖、面向对象编程、语言的交互、内置数据、Vignettes编写、版本控制等等内容,以后需要的话再来补充吧
    • 具有相似功能的函数可以写在同一R文件内,如果函数没有注释信息则用户不能使用,但在文件内部可以调用
    • 对于一些比较基础的包,可以设置启动R时自动加载

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