群体结构structure

#格式转换

vcftools --vcf total.final.snp.vcf --plink --out xj

#过滤

plink --noweb --file xj --geno 0.05 --maf 0.05 --hwe 0.0001 --make-bed --out QC

# plink  --file xj  --make-bed --out QC

#生成Q矩阵

for K in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10;do admixture --cv QC.bed $K|tee log${K}.out;done