R

q1：r中读入csv文件时，读入所有的列合并为一列

A1：此时因为保存时是write.table()，，所以读入直接read.table就行，什么参数也别加，，，如果不是直接保存的测试v、文件的话，读入用read.csv(),参数要加header = T,sep = ','

r包下载地方：

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp1UrAkM/downloaded_packages’

安装位置：~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0（服务器）

library(Matrix)
M <- Matrix(c(0, 0,  0, 2,
              6, 0, -1, 5,
              0, 4,  3, 0,
              0, 0,  5, 0),
            byrow = TRUE, nrow = 4, sparse = TRUE)
rownames(M) <- paste0("r", 1:4)
colnames(M) <- paste0("c", 1:4)
M
# 4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#    c1 c2 c3 c4
# r1  .  .  .  2
# r2  6  . -1  5
# r3  .  4  3  .
# r4  .  .  5  .

认识dgcMatrix

str(M)
# Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
# ..@ i       : int [1:7] 1 2 1 2 3 0 1
# ..@ p       : int [1:5] 0 1 2 5 7
# ..@ Dim     : int [1:2] 4 4
# ..@ Dimnames:List of 2
# .. ..$ : chr [1:4] "r1" "r2" "r3" "r4"
# .. ..$ : chr [1:4] "c1" "c2" "c3" "c4"
# ..@ x       : num [1:7] 6 4 -1 3 5 2 5
# ..@ factors : list()

x：矩阵中的数字，第一列非0的数字依次写，接着第二列第三列

M
# 4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#    c1 c2 c3 c4
# r1  .  .  .  2
# r2  6  . -1  5
# r3  .  4  3  .
# r4  .  .  5  .

M@x
# [1]  6  4 -1  3  5  2  5

as.numeric(M)[as.numeric(M) != 0]
# [1]  6  4 -1  3  5  2  5

I: 存储这些非0数字所在的行数，特殊的，第一行为0

M
# 4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#    c1 c2 c3 c4
# r1  .  .  .  2
# r2  6  . -1  5
# r3  .  4  3  .
# r4  .  .  5  .

M@i
# [1] 1 2 1 2 3 0 1

p：If we index the columns such that the first column has index ZERO, then M@p[1] = 0, and M@p[j+2] - M@p[j+1] gives us the number of non-zero elements in column j.

In our example, when j = 2, M@p[2+2] - M@p[2+1] = 5 - 2 = 3, so there are 3 non-zero elements in column index 2 (i.e. the third column).其实就是每列非0的个数，第一个是0，最后一个是非0的个数，中间依次是前面n列的非0的个数
比如这个M中的p的形成
第一个数字是0 ，最后一个数字是矩阵中非0 的个数，也就是7，那么第二个数字就是第一列中非0的个数（1），第三个数字就是第一列的非0数加第二列的非0数，第四个数字是第三列的非0数加前面所有列的非0数，然后依次加到最后一个

M
# 4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#    c1 c2 c3 c4
# r1  .  .  .  2
# r2  6  . -1  5
# r3  .  4  3  .
# r4  .  .  5  .

M@p
# [1] 0 1 2 5 7

dims:行数，列数

dimnames：行名，列名

library(Matrix)
m <- Matrix(c(0,0,0,20,5,
              2,5,8,0,0,
              0,0,0,0,8),
            byrow = TRUE,nrow = 3,sparse = TRUE)
rownames(m) <- paste0('r',1:3)
colnames(m) <- paste0('c',1:5)
m
3 x 5 sparse Matrix of class #"dgCMatrix"
#   c1 c2 c3 c4 c5
#r1  .  .  . 20  5
#r2  2  5  8  .  .
#r3  .  .  .  .  8
str(m)

#Formal class 'dgCMatrix'
 #[package "Matrix"] with 6 slots
#  ..@ i       : int [1:6] 1 1 1 0 0 2
#  ..@ p       : int [1:6] 0 1 2 3 4 6
#  ..@ Dim     : int [1:2] 3 5
 # ..@ Dimnames:List of 2
#  .. ..$ : chr [1:3] "r1" "r2" "r3"
#  .. ..$ : chr [1:5] "c1" "c2" "c3" #"c4" ...
#  ..@ x       : num [1:6] 2 5 8 20 5 8
#  ..@ factors : list()