linux：文本处理系列-1.行截取

（自己）常用的文本文件的行处理命令

示例文件：test.vcf
1、head -n 10 test.vcf
head : 默认是提取文件的前10行，-n 参数可以设定选择文件的前n行

2、tial -n 10 test.vcf
tail : 默认是提取文件的末尾10行， -n 参数可以设定选择文件末尾的n行

3、sed -n '10,20p' test.vcf
sed -n ： 随意选择需要查看的行
sed命令是一个面向行处理的编辑器，可以和正则表达式配合使用，附上较全面的sed命令使用教程。
https://man.linuxde.net/sed

4、awk 截取行的指定长度字符串
less test.gz |awk '{if(NR%2==1){print}else{print substr($1,1,75)}}' | gzip -c > test.part.gz
说明：对test.gz文件指定行截取75bp，原来是150bp

5、对n行的第三列求和，求平均值
grep -v ‘#’ test.vcf |sed -n '20,35p' |awk -F '\t' '{sum+=$3;n++}END{print sum,sum/n}'
(linux 一行命令计算速度比Python快，简单计算喜欢用linux命令)
记得随时整理使用过的命令，没学过linux，靠着各种帖子，随时需要随时补给，有点懒。