linux 批量下载TCGA数据

将该文件放在linux的   /home/zdwu/rnaseq/11_source_data  目录下，并在该目录下批量下载数据，代码如下：

cat gdc_sample_sheet.2018-05-22.tsv |while read line

do

echo https://portal.gdc.cancer.gov/files/${line:0:(36-0)}

wget -c https://gdc-api.nci.nih.gov/data/${line:0:(36-0)} -O ${line:167:(184-167)}'.htseq.counts.gz'

done

用如下命令，确认文件个数是否完整，完整后数据备用。

ls A-*| wc -l