一、建库

extract_splice_sites.py Triticum_aestivum.IWGSC.45.gtf > Triticum_aestivum.IWGSC.45.ss
extract_exons.py Triticum_aestivum.IWGSC.45.gtf  > Triticum_aestivum.IWGSC.45.exon
hisat2-build --ss Triticum_aestivum.IWGSC.45.ss --exon Triticum_aestivum.IWGSC.45.exon genome.fa genome_tran
##利用hisat-build构建小麦转录组比对的索引文件，--ss 可变剪切文件，--exon 外显子文件，后接参考基因组，index文件前缀为genome_tran

hisat官网：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
具体建库方法可参考：

（1）https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1；
（2）https://www.jianshu.com/p/426b5fefe1a5

二、遇到的问题

Segmentation fault (core dumped) /mnt/sda/software/hisat2-2.0.5/hisat2-build --ss Triticum_aestivum.IWGSC.45.ss --exon Triticum_aestivum.IWGSC.45.exon ../Triticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa genome_tran

解决：
通过dmesg命令可以查看发生段错误的程序名称、引起段错误发生的内存地址、指令指针地址、堆栈指针地址、错误代码、错误原因等。
我这里发现是由于该盘下内存不够导致，后换内存大的目录即运行成功。
更多段错误原因可参考：https://blog.csdn.net/YSBJ123/article/details/50035169