物种累积箱形图

简介

物种累积箱形图（species accumulation boxplot）是描述物种多样性随着样本个数的增加而增加的分析，是调查和预测样本中物种丰度的有效工具，被广泛用于判断样本量是否充分以及估计物种丰富度。

当样本个数较少时，物种随着抽样个数的增加呈现急剧上升的趋势，可以推断此前发现的物种并不全面。随着样本量增加，还能继续发现新的物种，此时并不能表征整个群落结构。随着样本个数增加，曲线上升趋势趋于平缓，表明采样量足够。

数据样式：常见OTU丰度表，列为样本，行为OTU，交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度。

library(tidiverse)
library(picante)
otu <- read.delim(file = paste0(file, "otu_table.txt"),
                         row.names = 1, sep = '\t', 
                         stringsAsFactors = FALSE, 
                         check.names = FALSE)
# 转制成以每行为一个样本，每一列为一种OTU
otu <- t(otu)


species_accum <- specaccum(otu, method="random")

# 数据提取 
data <- as.data.frame(species_accum$perm)
data$sites <- as.character(seq(1: nrow(data)))

dat  <- pivot_longer(data = data, cols =  -sites,
                     names_to = "V",
                     values_to = "richness")

dat$sites <- fct_inorder(dat$sites)

ggplot(data = dat) + 
  geom_boxplot(mapping = aes(x = sites, y = richness))