基因组数据下载随笔 2020-04-28

作者: SnorkelingFan凡潜 | 来源:发表于2020-04-28 17:23 被阅读0次

基因组数据下载随笔 2020-04-28
art-illumina模拟测序
五、数据比对
基因家族分析（1）数据准备及软件安装
24.《Bioinformatics-Data-Skills》之
使用anvi'o 进行微生物pangenomics泛基因
2 下载GATK需要的参考基因组文件
超详Chip-seq分析流程
转录组数据分析
使用Python3下载Phytozome数据库

在NCBI上下载的数据集有的含有gff，有的不含gff。如果没有就说明该物种还没有注释或者注释的结果还没有上传。
不一定都在NCBI上下载，有的蛋白质注释文件在原项目官网可以下载，比如;

https://www.hgsc.bcm.edu/arthropods/i5k
ftp://ftp.hgsc.bcm.edu/I5K-pilot/

image.png

image.png
i5K Pilot Project

ftp://ftp.hgsc.bcm.edu/I5K-pilot//Brown_recluse_spider
ftp://ftp.hgsc.bcm.edu/I5K-pilot//Common_house_spider
ftp://ftp.hgsc.bcm.edu/I5K-pilot//Western_black_widow_spider

基因组数据下载随笔 2020-04-28
在NCBI上下载的数据集有的含有gff，有的不含gff。如果没有就说明该物种还没有注释或者注释的结果还没有上传。 ...
art-illumina模拟测序
1.安装软件及下载基因组数据 1.1 下载art-illumina测序软件链接 1.2 下载基因组数据从gen...
五、数据比对
1.参考基因组准备 (1)参考基因组数据库 ? 参考基因组下载 (2)数据文件格式 2.数据比对 (1) Hisa...
基因家族分析（1）数据准备及软件安装
基因组数据的准备进行全基因水平的基因家族鉴定之前，需要准备好一套基因组数据，基因组数据可以从公共数据库下载，也可...
24.《Bioinformatics-Data-Skills》之
《Bioinformatics-Data-Skills》之案例：数据下载这里通过下载小鼠的参考基因组与注释数据的...
使用anvi'o 进行微生物pangenomics泛基因
1.数据下载 2.数据解压 2.泛基因组数据库的构建泛基因组分析后面还可以对其泛基因组功能进行分析，感兴趣的大...
2 下载GATK需要的参考基因组文件
参考基因组及必备的数据库参考基因组下载我是从服务器上下载下来放本地电脑了下载方式1：直接去gatk官网下载...
超详Chip-seq分析流程
一、Chip-seq分析流程二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载：以二穗短柄草为例： htt...
转录组数据分析
转录组分析基本流程总体流程测序的原始数据下载-----数据的过滤和质控（fastp）----下载参考基因组序列...
使用Python3下载Phytozome数据库
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